本研究は、ターゲットエンリッチメント型メタゲノム解析（mNGS）を中核とし、敗血症様病態、急性脳炎、心筋炎に代表される劇症感染症の病原体同定を飛躍的に高度化することを目的とする。本研究では、インドネシアの臨床コホートで収集される原因不明急性感染症例にmNGSの手法を適用し、これまで見逃されてきた起因病原体や共感染ウイルスを体系的に抽出する。さらに、RNA-seqによる宿主応答解析とを統合的に実施する。本研究において研究開発代表者は、研究遂行に必要な患者検体の確保、および細胞モデルによる感染症生体環境の模倣を統括し、感染症劇症化に関与する病原体間シナジーやウイルス–宿主相互作用の分子基盤を解明する。得られる知見は、原因不明感染症の診断法刷新、精密医療的アプローチの拡張、パンデミック対応力強化に直結し、次世代分子診断としてのmNGSの臨床実装を後押しする。