本研究では、AI駆動型抗体創薬プラットフォームの確立を目的とし、逆探索型AI技術（IBMET）と構造生物学的アプローチを融合させることで、希少かつ治療困難な疾患に対する革新的治療薬の開発と、新規モダリティ創出に資する標的分子の同定を進めている。
初年度は、IBMET法を用いてトリプルネガティブ乳がんの疾患細胞表面に存在する特異的な構造を認識する希少抗体VHH89を取得し、その薬効を明らかにするため、抗体薬物複合体（ADC）の調製に着手した。まずは10 mgのADCサンプル作製を目指しており、サンプルが得られ次第、薬効および生存延長効果の評価を行い、Proof of Concept（POC）確立を目的としたマウス移植モデルの作製を進める。
併せて、本抗体の特異性および臨床的有効性を検証するため、実際の臨床現場で取得されたトリプルネガティブ乳がん患者由来細胞株に対する反応性評価を行う準備として、VHH抗体の高純度精製を実施した。具体的には、N末端にHisタグを付加したVHH抗体遺伝子を大腸菌BL21(DE3)に導入し、IPTGによる発現誘導の後、超音波破砕、金属アフィニティークロマトグラフィーおよびゲルろ過を用いて目的タンパク質を精製した。また、ホルマリン固定・パラフィン包埋（FFPE）検体を用いた抗原検出アッセイ系の確立にも着手した。
さらに、標的分子の詳細解析に向けて、免疫沈降、質量分析、X線結晶構造解析、クライオ電子顕微鏡（cryo-EM）などの先端技術を活用し、エピトープ構造の同定および抗体の構造特異性の解明を進めている。VHH89は細胞表面の特異的な複合体を認識することが知られており、その結合様式を明らかにするため、バクテリオファージ表面に提示したファージ抗体を疾患細胞に処理し、FIB-SEMによる結合部位の同定と、クライオトモグラフィーによる構造解析を計画している。この目的のため、ファージ抗体の大量調製を実施した。
また、トモグラフィー解析に必要となるVHH抗体単独の構造情報を取得すべく、X線結晶構造解析のための結晶化を試みた。抗体を7.1 mg/mLまで濃縮し、結晶化条件を検討した結果、ポリエチレングリコール4000を用いた条件で良好な結晶が得られた。今後、本結晶を用いて大型放射光施設SPring-8でのX線回折実験を実施し、構造決定を行う予定である。