LLMを介した大規模計算神経科学の加速
研究課題情報
- 課題管理番号
- 25wm0625405h0002
- 統合プロジェクト(三期)
シーズ開発・基礎研究プロジェクト
- 統合プロジェクト(二期)
疾患基礎研究プロジェクト<第二期>
- 事業名
脳神経科学統合プログラム
- タグ(2025)
研究開発目的: 基礎医学研究
研究の性格: 疾患を特定しない基礎医学研究<生命・病態解明研究>
研究モダリティ: in vivo-齧歯類
ICD-10大分類: 精神および行動の障害
対象疾患領域: 精神・神経疾患
特記的事項: 研究倫理<ELSI/RRI等> , 国際共同研究 , DX<SaMD、AI、ICTを含む>
- タグ(2024)
研究開発目的: 基礎医学研究
研究の性格: 疾患を特定しない基礎医学研究<生命・病態解明研究>
研究モダリティ: in vivo-齧歯類
ICD-10大分類: 精神および行動の障害
対象疾患領域: 精神・神経疾患
特記的事項: 研究倫理<ELSI/RRI等> , 国際共同研究 , DX<SaMD、AI、ICTを含む>
- 代表研究機関
- 国立大学法人東京科学大学
- 研究代表者
(2025) 平理一郎, 国立大学法人東京科学大学, 大学院医歯学総合研究科細胞生理学分野 准教授
(2024) 平理一郎, 国立大学法人東京科学大学, 大学院医歯学総合研究科 准教授
- 研究期間
- 2024年度 - 2029年度
- 課題への総配分額
- 78,000 千円
- 研究概要(2025)
- 本研究計画では、大規模2光子カルシウムイメージングと富岳による大規模シミュレーションにより、大量の神経活動・行動データを収集し、これを使って脳Transformerを訓練する。令和7年度においては、大規模2光子カルシウムイメージングによる大量データを生成するためのDiesel2p(Dual Independent Enhanced Scan Engines for Large field-of-view Two-Photon)メゾスコープ(Yu et al., 2021)を完成させる。2光子顕微鏡を用いてカルシウムイメージを行う研究員と、頭蓋骨ガラス置換手術の経験のある技術補佐員を雇用することで、大規模2光子カルシウムイメージングデータを量産し、これをTransformerの訓練に用いることで脳活動の予測精度を向上させる。
- 研究概要(2024)
- 本研究計画では、大規模2光子カルシウムイメージングと富岳による大規模シミュレーションにより、大量の神経活動・行動データを収集し、これを使って脳Transformerを訓練する。令和6年度においては、大規模2光子カルシウムイメージングによる大量データを生成するためのDiesel2p(Dual Independent Enhanced Scan Engines for Large field-of-view Two-Photon)メゾスコープ(Yu et al., 2021)を新たに建造することである。Diesel2pは完全にカスタムで構築し、対物レンズ、チューブレンズ、スキャンレンズをそれぞれ作成、筐体も新しく構築し、これに各レンズアッセンブリを加えていく。スキャナー、光電子増倍管等を設置し、デジタイザボード等エレクトロニクスおよび制御用計算機とともにシステム全体を構築する。
研究成果情報
2024
成果の概要
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私たちのチームは、神経科学と人工知能の両面から「Transformer 型デジタル脳」の構想を推進している。神経科学側では、小脳と基底核の協調による強化学習の相乗効果を実証し、皮質―上丘経路の機能分節と動的統合、後頭頭頂皮質のメゾスケール機能アーキテクチャを解明した。さらに化学親和性理論を用いた接続写像を提示し、将来の全脳シミュレーション技術を展望したほか、広視野2光子顕微鏡を新規導入して稼働を開始し、10 万細胞規模の活動計測を実現した。
計算・シミュレーション側では、Transformer を用いた中規模脳活動シミュレーションの時系列予測モデルを構築し、その妥当性を確認したのち、得られた知見を2光子カルシウムイメージング実データに適用して神経活動の生成を試みた。並行して複数の既存大規模言語モデル(LLM)の内部表現を抽出・比較し、疎オートエンコーダによる表現追跡や線形下位空間における数値推論、結合表現の解析を行い、内部構造を明らかにした。さらに鳥類音声解析用 Transformer を開発し、誤情報への誤信検証を促すインターベンション手法も提案、高解像度画像セグメンテーションを高速化する適応パッチング法も実装した。
LLMによる神経回路シミュレーションに対するコード開発能力の評価を行った。主要な12のオープンモデルと7つのクローズドモデルに対して、Hodgkin Huxleyモデルからなる神経回路シミュレーションのコーディング、ポーティング、並列化実装についてプログラムミング能力を評価した。その結果、オープンモデルにくらべクローズドモデルはより優れた性能を示し、一部のクローズドモデルは複雑なハイブリッド並列化の高速化を実現し、コーディング過程と対象の計算実行の加速の可能性を示した。
これらの成果により、動物行動から言語まで階層横断的に共通する表現原理を検証し、神経回路と LLM を相互参照する新たな解析枠組みを構築した。次世代 AI と脳情報基盤創出に向け、計測・計算・理論を統合するプラットフォームを今後さらに発展させる計画である。
計算・シミュレーション側では、Transformer を用いた中規模脳活動シミュレーションの時系列予測モデルを構築し、その妥当性を確認したのち、得られた知見を2光子カルシウムイメージング実データに適用して神経活動の生成を試みた。並行して複数の既存大規模言語モデル(LLM)の内部表現を抽出・比較し、疎オートエンコーダによる表現追跡や線形下位空間における数値推論、結合表現の解析を行い、内部構造を明らかにした。さらに鳥類音声解析用 Transformer を開発し、誤情報への誤信検証を促すインターベンション手法も提案、高解像度画像セグメンテーションを高速化する適応パッチング法も実装した。
LLMによる神経回路シミュレーションに対するコード開発能力の評価を行った。主要な12のオープンモデルと7つのクローズドモデルに対して、Hodgkin Huxleyモデルからなる神経回路シミュレーションのコーディング、ポーティング、並列化実装についてプログラムミング能力を評価した。その結果、オープンモデルにくらべクローズドモデルはより優れた性能を示し、一部のクローズドモデルは複雑なハイブリッド並列化の高速化を実現し、コーディング過程と対象の計算実行の加速の可能性を示した。
これらの成果により、動物行動から言語まで階層横断的に共通する表現原理を検証し、神経回路と LLM を相互参照する新たな解析枠組みを構築した。次世代 AI と脳情報基盤創出に向け、計測・計算・理論を統合するプラットフォームを今後さらに発展させる計画である。
学会誌・雑誌等における論文一覧
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1. Yoshida, T., Sugino, H., Yamamoto, H., Tanno, S., Tamura, M., Igarashi, J., Isomura Y., & Hira, R. (2025). Synergistic reinforcement learning by cooperation of the cerebellum and basal ganglia.Journal of Neuroscience. https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.1464-24.2025
2. Sugino, H., Tanno, S., Yoshida, T., Isomura, Y., & Hira, R. (2025). Functional segregation and dynamic integration of the corticotectal descending signal in rat. Neuroscience Research, 210, 38-50. https://doi.org/10.1016/j.neures.2024.09.002
3. Hira, R., Townsend, L. B., Smith, I. T., Yu, C. H., Stirman, J. N., Yu, Y., & Smith, S. L. (2025). Mesoscale functional architecture in medial posterior parietal cortex. eLife, 14. https://doi.org/10.7554/eLife.105213.1
4. 五十嵐潤,科学技術と脳の進化におけるスケーリング則, TEN, vol.6, 2025
5. Inaba, T., Inui, K., Miyao, Y., Oseki, Y., Heinzerling, B., & Takagi, Y. (2025). How LLMs Learn: Tracing Internal Representations with Sparse Autoencoders.arXiv preprint arXiv:2503.06394. https://doi.org/10.48550/arXiv.2503.06394
6. Tanaka, Y., Arai, H., Inuzuka, M., Takahashi, Y., Kukita, M., Iseki, R., & Inui, K. (2025, April). Beyond Click to Cognition: Effective Interventions for Promoting Examination of False Beliefs in Misinformation. InProceedings of the 2025 CHI Conference on Human Factors in Computing Systems(pp. 1-18). https://doi.org/10.1145/3706598.3714243
7. Kuribayashi, T., Oseki, Y., Taieb, S. B., Inui, K., & Baldwin, T. (2025). Large Language Models Are Human-Like Internally.arXiv preprint arXiv:2502.01615. https://doi.org/10.48550/arXiv.2502.01615
8. Kudo, K., Aoki, Y., Kuribayashi, T., Sone, S., Taniguchi, M., Brassard, A., ... & Inui, K. (2024). Think-to-Talk or Talk-to-Think? When LLMs Come Up with an Answer in Multi-Step Reasoning. arXiv preprint arXiv:2412.01113. https://doi.org/10.48550/arXiv.2412.01113
9. Kobayashi, K., Matsuzaki, K., Taniguchi, M., Sakaguchi, K., Inui, K., & Abe, K. (2025). FinchGPT: a Transformer based language model for birdsong analysis.arXiv preprint arXiv:2502.00344. https://doi.org/10.48550/arXiv.2502.00344
10. Oumar El-Shangiti, A., Hiraoka, T., AlQuabeh, H., Heinzerling, B., & Inui, K. (2024). The Geometry of Numerical Reasoning: Language Models Compare Numeric Properties in Linear Subspaces. arXiv e-prints, arXiv-2410 https://doi.org/10.48550/arXiv.2410.13194
学会・シンポジウム等における口頭・ポスター
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1. Fumiya Imamura, Hiroto Imamura, Yoshikazu Isomura, Riichiro Hira "Novel 6-DOF platform and mesoscale two-photon calcium imaging reveal integrative roles of the parietal cortex through ground tilt representation" CSHA conference. Awaji, Japan. 2025.4.22. Poster#33
国内 / ポスター
2. Hiroto Imamura, Fumiya Imamura, Yoshikazu Isomura, Riichiro Hira "Balanced corticocortical connectivity shapes distinct subspaces of temporal and behavior representations in the secondary motor cortex and posterior parietal cortex" CSHA conference. Awaji, Japan. 2025.4.22. Poster#34
国内 / ポスター
3. Sho Tanno, Hikaru Sugino, Tatsumi Yoshida, Kyohei Fujita, Yoshikazu Isomura, Riichiro Hira "Integration of activity of cerebellum and basal ganglia, and superior colliculus in the ventromedial nucleus of thalamus" 2P-035 APPW2025 March.18 Makuhari Messe
国内 /
4. Ryoya Yamamoto, Hiroki Mori, Satoshi Oota, Yoshikazu Isomura, Riichiro Hira, Fumiya Imamura. "Development of real-time control of virtual whole-body model using wide field calcium imaging" 2LBA-006 APPW2025 March.18 Makuhari Messe Poster <ポスター賞>
国内 / ポスター
5. Riichiro Hira, Tatsumi Yoshida, Hikaru Sugin, Hinako Yamamoto, Sho Tanno, Jun Igarashi, and Yoshikazu Isomura "Synchronized cerebellar and basal ganglia output enables consistent and efficient reinforcement learning" 日本神経回路学会JNNS2024 (Clark Memorial Student center, Hokkaido University) Poster P1-18 2024.9.11
国内 / ポスター
6. Satoshi Oota, Yuko Okamura-Oho, Hiroki Mori, Jun Igarashi, Sakiko Nakamura, Riichiro Hira, Hideo Yokota "A Biomechanics Approach to Elucidating Neuromotor Functions Using the Rodent Digital Twin" 日本神経回路学会JNNS2024 (Clark Memorial Student center, Hokkaido University) Poster P2-32 2024.9.12
国内 / ポスター
7. Fumiya Imamura, Hiroto Imamura, Reiko Hira, Shigeki Kato, Kazuto Kobayashi, Yoshikazu Isomura, Riichiro Hira "Novel 6-DOF platform and mesoscale two-photon calcium imaging reveal integrative roles of the parietal cortex in body-environment interactions" 日本神経回路学会JNNS2024 Poster (Clark Memorial Student center, Hokkaido University) P1-22 2024.9.11
国内 / ポスター
8. Hiroto Imamura, Fumiya Imamura, Reiko Hira, Shigeki Kato, Kazuto Kobayashi, Yoshikazu Isomura, Riichiro Hira "Balanced corticocortical connectivity near the critical point enables independent and consistent temporal representations in secondary motor cortex and posterior parietal cortex"日本神経回路学会JNNS2024 Poster (Clark Memorial Student center, Hokkaido University) P1-21 2024.9.11
国内 / ポスター
9. Takahiro Wakisaka, Riichiro Hira, Taro Toyoizumi "NMDA dysfunction-induced reduction in feedback inhibition slows binocular rivalry switch rate: insights from a human connectome-based model to psychosis" 日本神経回路学会JNNS2024 (Clark Memorial Student center, Hokkaido University)Poster P1-19 2024.9.11.
国内 / ポスター
10. 五十嵐 潤、孫 哲、山﨑 匡、礒村 宜和、平 理一郎 "マウス感覚運動皮質のコネクトームベース神経回路モデルにおける体部位マップ間のトポグラフィック経路を介する神経相互作用" The 47th Annual Meeting of Japan Neuroscience Society: Neuro2024 (Fukuoka Convention Center, Fukuoka) 2024.7.24. Poster
国内 / ポスター