次世代シーケンスを用いて、下痢症原因菌であるETEC、Campylobacter、Shigella、Vibrio choleraeに対する比較ゲノム解析を進めた。その結果、Campylobacterに関しては、インド分離株が世界的に流行しているクローンと一致しないこと、高度な薬剤耐性を示すこと、加えて病原因子であるT6SS（type VI secretion system）の保有率が高いことが明らかとなった。これらの成果は論文として報告済みである。Vibrio choleraeでは、O1/139血清型と非O1/非O139（NAG）を対象に解析を行い、両者とも近年薬剤耐性遺伝子の保有数が増加傾向にあることを確認した。特にO1/139は、耐性の種類が多く、2011年にはアミノグリコシド系およびスルホンアミド系に感受性を示す株が一時的に流行の主流となったが、短期間で別の耐性株に置き換わり、流行株の交代が迅速に進行していることが示された。O1/139は爆発的な流行性を示し、均一な遺伝的背景を持つ集団が短期間に広がる中で、ヒトへの感染を通じて薬剤耐性を獲得していく可能性が高いと考えられる。一方NAGでは、多様な系統が併存しており、特にフルオロキノロン系に対する高い耐性を示す超多剤耐性株が出現し、他地域と比較しても薬剤耐性の水準が高いことが判明した。さらにNAGの系統解析からは、3つの主要な流行クレードの存在が示唆された。うち2つは、世界的な流行株と共通する病原因子や耐性因子を有していたが、残る1つのクレードについては、フルオロキノロン耐性を除き、明確な病原性あるいは耐性の特徴は確認されておらず、インドにおけるその流行要因の解明に向けて現在解析を進行中である。また、インドおよび日本分離のETECについては、病原因子および薬剤耐性遺伝子を保有するプラスミドの水平伝播機構を明らかにするため、選択マーカーを導入したドナー株の構築を進めている。さらに、Campylobacterの国別コア遺伝子の比較解析では、インドと日本の分離株間で一部遺伝子の保有率に差異が見られ、当該遺伝子の機能的意義と環境要因との関係性について今後検討を進める予定である。