新規病原体の探索研究およびSARS-CoV-2の血清疫学調査：
新規病原体の探索研究として、インドネシア スマトラ島、カリマンタン島、ジャワ島、バリ島の8施設との協力により、霊長類動物から血液、鼻咽頭・咽頭スワブ、直腸スワブの試料を収集した。これまでにマカク、ラングール、ギボン、オランウータンについてそれぞれ73、53、68、51個体から検体を取得している。また各施設の動物管理者65名から検体を取得した。B型肝炎ウイルス（HBV）の調査では、マカク、ラングール、ギボン、オランウータンの陽性率はそれぞれ0%、5.7%、24.6%、11.8%であり、動物管理者では6.2%であった。ラングールからのHBVの検出はこれまでに報告がなく、生息エリアごとにギボン由来のHBVと相同性が高いことから、霊長類間での感染伝播が示唆された。霊長類試料からヘルペスウイルスの検出を試みた結果、マカク、ラングール、ギボン、オランウータンから、Lymphocryptovirus属のウイルスが検出され、検出率は20.5%、28.3%、6.3%、11.8%であった。
ウイルス性下痢症の研究：
インドネシア・東ジャワにおけるノロウイルス流行状況の解析において、2015-2024年までに収集したスラバヤのノロウイルス感染児の便検体を解析した。インドネシアは他民族国家で宗教、食習慣も異なることから、東ジャワだけでなく、インドネシア各地からサンプル収集を進めている。さらに、インドネシアのバニュワンギのヘルスセンターで収集された無症候者の便検体の6例からノロウイルスGenogroup IV(GIV)を同定した。
検体の家族の飼っているネコの便検体も収集した。現在、ヒト検体とネコ検体からノロウイルスゲノムのシークエンス解析を行っている。
ノロウイルス家族内伝播様式の解析では、1.5年間の調査で、異なる遺伝子型によるノロウイルス(NoV) の家族内感染が5回発生した。得られたNoVの塩基配列の高い相同性から，家族内伝播が示唆された。息子（2歳）は、ウイルス量は少ないが、いずれのエピソードでも感染のリザーバーと考えられた。
サポウイルス研究については、2015年から2019年までにインドネシアで収集したサポウイルス株のゲノム解析を行った。インドネシアにおけるサポウイルスの流行株と類縁株について系統樹解析を行った。
インドネシア・スラバヤにおける小児患者のロタウイルスG12P[8]株の全ゲノム解析を行った。2017年から2018年にインドネシア・スラバヤにおいて急性胃腸炎で入院した小児67例のロタウイルス陽性検体から5例のG12RVAを分離し、NGS解析を行った。
2018年から2022年にかけて、インドネシアのシドアルジョで入院した小児から24検体が珍しいRVAのG9P[4]と判定され、2検体がG9P[6]であった。
ワンヘルスアプローチによるインドネシアの薬剤耐性菌動向調査：
2024年度も、引き続き、ヒト、環境（河川）、家畜（鶏）からの薬剤耐性菌の採取を継続した。WHOの三輪車プロジェクトのプロトコールに基づき、鶏の盲腸からESBL産生大腸菌を検出した結果、ブロイラー飼育では88.2％、放し飼いでは約60.7％の鶏がESBL産生大腸菌を保菌していることが判明した。またブロイラー飼育鶏ではLVFX（67.3％）およびST（91.8％）耐性菌株も高率に認めた（％はいずれもCTX選択培地に発育した菌株数を分母とした）、一方、放し飼い鶏の耐性菌株の割合はLVFXが36.8%、STが68.9％であった。さらに、これとは逆に放し飼い飼育鶏では第3.5世代のセフェム系抗菌薬のCAZ（83％）と第4世代のCFP（36.8％）に対する耐性菌株を高率に認めた、一方、ブロイラー飼育鶏の耐性菌株の割合は、CAZが23.6％、CFPMが12.7％であった。以上のように鶏の保菌するESBL産生大腸菌の薬剤耐性の傾向は飼育形態により大きく異なることが判明した。
デング重症化及び流行を規定する要因の探索研究：
これまでアイルランガ大学病院にて約230検体のデング末梢血試料と患者情報を収集した。その中から、デング発症後の日数と年齢を可能な限り合わせて、重症例と軽症例の代表例を各10検体ずつ選択して、末梢血細胞から抽出したRNAを用いたRNAseq解析を行った。その結果、重症例と軽症例の間で発現強度の異なる候補遺伝子とmiRNAプレカーサーを複数選択した。その後、全ての検体を用いた検証実験により、重症例において軽症例より発現強度が高い2候補遺伝子と、その逆に、軽症例で発現強度の高い4候補遺伝子を選択した。また、デング試料と年齢を可能な限り合わせた健常人の末梢血試料を約130検体採取して、これらの候補遺伝子の健常人試料における発現レベルについて解析した。収集した全ての末梢血試料より抽出したRNA試料を用いてqRT-PCRを実施して、極端に遺伝子発現強度が大部分の試料とは異なるデータを外れ値として除外した後に統計解析を実施した結果、RNAseqとその後の検証実験には相関する結果が得られた。また、重症例と軽症例における候補遺伝子の発現強度には有意差が認められた。更に、6種類の候補遺伝子はいずれも健常人試料よりデング感染試料で有意に発現量が上昇していた。次に、デング重症度の程度により発現レベルの異なるmiRNAについて、細胞培養系でのデングウイルス複製への影響を解析した結果、デング重症化で発現更新していたmiRNAがデングウイルス複製を亢進することを示唆する解析結果を得た。また、培養細胞を用いたCRISPRスクリーニングによりフラビウイルス(日本脳炎ウイルスおよびジカウイルス)の複製あるいは細胞毒性に影響する複数の宿主細胞遺伝子候補を選択した。