自己免疫疾患の根本的な発症機序や病態は依然として未解明である。ゲノムワイド関連解析（GWAS）によって遺伝的素因の関与が明らかとなったが、多くの感受性遺伝子変異の機能的意義は不明である。特に挿入欠失（Indel）、コピー数多型（CNV）、反復配列多型（TR）といったゲノム変異の機能解釈は限定的であり、病態理解や創薬の大きな障壁となっている。また、加齢に伴って獲得される体細胞変異が自己免疫疾患に及ぼす影響も注目されているが、その機序は不明である。本提案では、Short・long-read併用の全ゲノムシークエンス、SNPタイピングが紐づいたアジア最大規模の免疫細胞シングルセルアトラスを創生する。本アトラスを基盤として、細胞種・細胞状態・単一細胞解像度におけるIndel/CNV/TRを含む包括的なmolecular-QTL解析を実施し、シングルセルmolecular-QTLカタログを構築する。さらに、このリソースを活用したpost-GWAS解析およびin vitro/in vivoでの機能的検証を通じて、自己免疫疾患の病態メカニズムの解明と創薬標的の同定を目指す。