本研究では、これまで臨床応用を見据えた遺伝子解析でほぼ手つかずの構造多型(SV：先天的あるいは後天的)に着目し、1）疫学的な相関が知られる自己免疫疾患（SLE）と精神疾患（統合失調症）の共通・特異的病態基盤を解明、２）疾病鑑別や発症予測の臨床応用可能な総合的スコアを導入することを目的に解析を行う。先天的SV同定による免疫-精神疾患共通病態の解明・SVパネル構築とスコア組み込みと後天的SVのスコア組み込みを行い、全期間内には実患者データでの精度検証も行う。
本研究の目標を達成するために本年度はデータの作成を継続し、DNAマイクロアレイデータの解析を継続し、SV imputation panelの構築も継続した。SLE患者からゲノム解析用末梢血サンプル並びに臨床情報を整備したほかSLEとの共通病態が知られている統合失調症を中心とした精神疾患の解析を行った。ロングリートシーケンスデータ(WGS or ターゲット)の産生とDNAマイクロアレイデータの産生を継続し、新規サンプルとして統合失調症患者50名のリクルートを完了し、DNA抽出、臨床情報を取得、また、当該サンプルおよびSLEサンプルを用いたロングリードシーケンスをNanopore PromethIONを用いて30名実施した。さらに、統合失調症とSLEに共通する感受性遺伝子である補体第４成分遺伝子（C4）の多型（ins/delとコピー数変異）に関するimputation referenceを作成した。解析の結果、日本人特異的な関連を見出し、さらに解析を進めている。また、先天的ゲノム情報を最大化するため、日本人全ゲノムシーケンスデータを鋳型にして大規模関連解析を実施し、形質関連rare variant を多数同定したほか、代表者がハーバード大学と共同で開発した、遺伝子ごとに機能喪失型(LoF)あるいは重複型(Duplication)の非常に稀(数千人に1人以下が一般的)な先天的コピー数多型(CNV)を、大規模DNAマイクロアレイデータを基に同定された局所的な遺伝的近縁関係(local haplotype sharing)を利用して効率的に同定する手法(Hujoel et al, 2022 Cell)について、解析範囲を非コード領域を含む全ゲノムに拡張する解析がシーケンスデータに拡張可能であることを示した。また、遺伝子発現解析のためのデータ集積を行った。また、後天的な構造多型を伴った末梢白血球の動的な増殖であるmCA(mosaic chromosomal alteration)が精神科形質及び免疫形質に関わることを示した。