- 課題管理番号
- 25tk0124003h0003
- 統合プロジェクト(三期)
データ利活用・ライフコースプロジェクト
- 統合プロジェクト(二期)
ゲノム・データ基盤プロジェクト<第二期>
- 事業名
ゲノム研究を創薬等出口に繋げる研究開発プログラム
- タグ(2025)
研究開発目的: 基礎医学研究
研究の性格: 疾患を特定した基礎医学研究<生命・病態解明研究>
研究モダリティ: in silico<データサイエンスやシミュレーション等>
ICD-10大分類: 新生物<腫瘍>
対象疾患領域: がん , 生活習慣病<免疫アレルギー疾患、腎疾患を含む> , 老年医学・認知症
特記的事項: DX<SaMD、AI、ICTを含む>
補足確認: 診断 , 治療 , 予後・生活の質<QOL>
- タグ(2024)
研究開発目的: 基礎医学研究
研究の性格: 疾患を特定した基礎医学研究<生命・病態解明研究>
研究モダリティ: in silico<データサイエンスやシミュレーション等>
ICD-10大分類: 新生物<腫瘍>
対象疾患領域: がん , 生活習慣病<免疫アレルギー疾患、腎疾患を含む> , 老年医学・認知症
特記的事項: DX<SaMD、AI、ICTを含む>
補足確認: 診断 , 治療 , 予後・生活の質<QOL>
- タグ(2023)
研究開発目的: 基礎医学研究
研究の性格: 疾患を特定した基礎医学研究<生命・病態解明研究>
研究モダリティ: in silico<データサイエンスやシミュレーション等>
ICD-10大分類: 新生物<腫瘍>
対象疾患領域: がん , 生活習慣病<免疫アレルギー疾患、腎疾患を含む> , 老年医学・認知症
特記的事項: DX<SaMD、AI、ICTを含む>
補足確認: 診断 , 治療 , 予後・生活の質<QOL>
- 代表研究機関
- 国立大学法人京都大学
- 研究代表者
(2025) 小川誠司, 国立大学法人京都大学, 大学院医学研究科 腫瘍生物学講座・教授
(2024) 小川誠司, 国立大学法人京都大学, 大学院医学研究科 腫瘍生物学講座・教授
(2023) 小川誠司, 国立大学法人京都大学, 大学院医学研究科 腫瘍生物学講座・教授
- 研究期間
- 2023年度 - 2025年度
- 課題への総配分額
- 307,850 千円
- 研究概要(2025)
- 本研究では、大規模なシーケンスデータが利用可能な「骨髄系腫瘍」とその前駆病変としての「クローン性造血」を対象として、様々な技術・分野の研究者が結集して、その病態解明と新規診断技術・治療の分子標的の創出を目的とした開発を行うものである。 ①クローン性造血に始まる骨髄系腫瘍の起源から、発症、再発・治療抵抗性の獲得にいたる疾患の全過程について、その発症に関わるエピゲノムの異常を含む機能的な経路や、また、腫瘍免疫応答や慢性炎症を含む骨髄環境の関与を系統的に明らかにすることにより、その病態解明を行うとともに、②次世代に望まれるエピゲノム情報を統合した新たな分子分類・単一細胞形態解析を含む診断法の構築、単なる「変異遺伝子」を超えた治療標的となる鍵分子の同定を行うとともに、③先進的な単一細胞技術に形態フローサイトメトリーを用いたクローン性造血の新規診断技術の開発を行う。
- 研究概要(2024)
- 本研究では、大規模なシーケンスデータが利用可能な「骨髄系腫瘍」とその前駆病変としての「クローン性造血」を対象として、様々な技術・分野の研究者が結集して、その病態解明と新規診断技術・治療の分子標的の創出を目的とした開発を行うものである。 (1)クローン性造血に始まる骨髄系腫瘍の起源から、発症、再発・治療抵抗性の獲得にいたる疾患の全過程について、その発症に関わるエピゲノムの異常を含む機能的な経路や、また、腫瘍免疫応答や慢性炎症を含む骨髄環境の関与を系統的に明らかにすることにより、その病態解明を行うとともに、(2)次世代に望まれるエピゲノム情報を統合した新たな分子分類・単一細胞形態解析を含む診断法の構築、単なる「変異遺伝子」を超えた治療標的となる鍵分子の同定を行うとともに、(3)先進的な単一細胞技術に形態フローサイトメトリーを用いたクローン性造血の新規診断技術の開発を行う。
- 研究概要(2023)
- 骨髄系腫瘍とその前駆病変としてのクローン性造血を対象として、これまでに整備・構築してきた大規模なゲノムシーケンスデータ、RNA シーケンスデータ、ATAC シーケンスデータ、ChIPシーケンスデータを活用し、クローン性造血に始まる骨髄系腫瘍の起源から、発症、再発・治療抵抗性の獲得にいたる疾患の全過程について、その発症に関わるエピゲノムの異常を含む機能的な経路や、骨髄環境の関与を系統的に明らかにすることにより、その病態解明を行うとともに、次世代に望まれるエピゲノム情報を統合した新たな分子分類・単一細胞形態解析を含む診断法の構築、単なる変異遺伝子を超えた治療標的となる鍵分子の同定を行う。また、独自に開発した遺伝子変異と遺伝子発現等を同定可能なマルチオミックス単一細胞解析技術を用いて、病態解明を行う。
収集済みの多数の全ゲノムシーケンスデータの解析では、解析アルゴリズムの最適化により新たな構造異常を多数同定した。急性骨髄性白血病(AML)ではこれまでに大規模なターゲット・RNA・ATACシーケンスを行いデータを収集してきたが、この解析では、新規サブグループを同定し、それらの臨床所見、遺伝子変異、遺伝子発現、クロマチン制御機構を解明した。さらに一部で新たにChIPシーケンスデータを取得し、スーパーエンハンサー(SE)の同定を行った。これらの多層オミクス解析を通じて、AMLの分子機構と分子分類について新規の知見を得ている。遺伝子発現ネットワークの解析では、アザシチジン耐性獲得メカニズムに関する重要な知見が得られた。さらに、上述のサブグループ分類に対応可能となるような薬剤感受性スクリーニングを実施する方法論の確立を行っている。
SEの高度な解析では、SE近傍に形成される転写凝集体に注目し、その構成成分の網羅的解析技術プラットフォームの開発・改良を進めている。さらに、超解像度解析を行うために、顕微鏡システムの構築を進めている。
バイオバンクジャパンの検体を用いたCHの解析では、既存解析分などを含め大規模なデータセット構築を進めている。対象者については追跡調査を実施し経年の臨床情報を収集している。CHと疾患の関連解析では、特定の遺伝子変異を持つ集団でCOVID -19の重症化リスクの上昇を見出した。
マルチオミックス単一細胞解析ではCHにおける炎症や免疫系の変化に注目して解析を進めている。また、CHにおける免疫的機序の解析のため、多重免疫染色・空間的トランスクリプトームの統合解析を用いた解析基盤の構築を進めている。さらに、骨髄検体に対する、ゴーストサイトメトリー技術や、光学核酸バーコーディング技術による並列・大量1細胞マルチモーダル解析の最適化を進めている。
白血病細胞の増幅法の研究では、適切な増幅因子、低分子化合物を探索し、より安定した長期培養系を確立するとともに、ライブラリーから適切な分子を同定し、体外増幅系の基礎を構築している。