全体の成果
令和5年度は、次年度以降に取得する予定の空間ゲノミクスデータを円滑に解析・評価するための準備段階として、カスタムプローブの設計、病理組織画像とマージして細胞レベルで一致させる技術開発を中心とし、低分子化合物のクローン性造血モデルマウスでの投与、抗体最適化におけるハイスループット物性評価系の構築を行った。
担当別成果
(1) 研究開発代表者　機関名　所属　役職：国立大学法人東京大学　大学院医学系研究科衛生学分野　教授
研究開発代表者　氏名：石川　俊平
分担研究開発課題名（実施内容）：研究統括・空間ゲノミクス解析
・空間ゲノミクス解析でクローン性間質の特性を評価するために、独自のカスタムプローブを設計した。パイロットスタディとして、がん検体を用いて空間ゲノミクス解析を行ない、得られたデータから細胞種の同定や細胞間相互作用を抽出する手順を検討し、最適化を試みた。また空間ゲノミクス解析で取得した画像データと同一切片で取得したH.E.病理組織画像をマージして細胞レベルで一致させる技術を開発した。がん組織に浸潤したB細胞が発現する抗体分子の抗体ライブラリを拡張した。
(2) 研究開発分担者　機関名　所属　役職：国立大学法人筑波大学　医学医療系　教授
研究開発分担者　氏名：坂田（柳元）　麻実子
分担研究開発課題名（実施内容）：クローン造血のゲノミクス、動物モデルでの検証
・クローン性造血モデルマウスに対して、分担研究者より、これを治療するための候補薬剤の供与を受け、動物実験計画書の承認のもと、予備検討を開始した。また患者検体についてクローン性造血の候補となる遺伝子領域についてターゲットシーケンス用の遺伝子変異パネルを設計し、発注を行い、ライブラリ作製を一部開始した。さらにクローン性造血モデルの担がんモデルを用いて、がん微小環境への影響を調べ、治療奏効性を調べる系を樹立した。
(3) 研究開発分担者　機関名　所属　役職：国立大学法人東京大学　大学院工学系研究科　講師
研究開発分担者　氏名：中木戸　誠
分担研究開発課題名（実施内容）：抗体の物理化学的物性評価・アミノ酸改変
・本プロジェクトによって順次見出されるシーズ候補となる抗体分子について、各種物性の評価系を立ち上げることを到達点として研究を実施した。そのため、独自の物性評価系を構築した。実験系構築の実証のため、モデル抗体を用いてアミノ酸変異体を作製し、その熱安定性評価を行った。
(4) 研究開発分担者　機関名　所属　役職：Chordia Therapeutics株式会社　Chief Scientific Office
研究開発分担者　氏名：森下　大輔
分担研究開発課題名（実施内容）：低分子化合物の効果検証・非臨床試験の検討
・今年度はクローン増殖をする腫瘍の特性により構築される見込みの分子分類に基づいて、開発中低分子化合物の提供と薬剤感受性スクリーニングを実施する方法論の確立を行った。特に、通常のin vitro化合物処理後の生存細胞を測定する系の妥当性を見直し実験系の構築を完了させた。
(5) 研究開発分担者　機関名　所属　役職：地方独立行政法人　神奈川県立病院機構　神奈川県立がんセンター　消化器外科　主任部長
研究開発分担者　氏名：大島　貴
分担研究開発課題名（実施内容）：臨床検体の収集、臨床的視点からの適用検討
・空間ゲノミクス解析に使用する胃癌検体およびそれに紐づく臨床情報の収集を行なった。
・胃癌の手術を行う患者にインフォームドコンセントを得て、手術にて胃癌摘出後30分以内に胃癌組織を新鮮凍結あるいは固定サンプルとして保管するプロトールを実践した。