様々な癌種を含む20細胞株に対して、標的遺伝子の発現抑制率と細胞生存率を検証し、これらの相関が高い標的遺伝子阻害高感受性がん細胞株を同定した。また、in Silico解析でデザインされ合成されたsiRNA配列30本について試験し、ノックダウン効率の高いsiRNAを同定した。これらのsiRNAについて、複数のがん細胞株におけるノックダウン効率および増殖抑制効果を計測した。その結果、ノックダウン効率の良い上位４つのsiRNAは複数のがん細胞株に対して増殖抑制効果を示すことが明らかになった。また、正常細胞として、正常ヒトケラチノサイトおよび正常ヒト肝臓細胞（初代）を使用し、各siRNAによる細胞毒性（6日後の生細胞活性）を試験した。その結果、同定したsiRNAはいずれも、がん細胞に対しては増殖抑制効果を示すが、正常ヒトケラチノサイトや正常ヒト肝細胞に対しては増殖・生存を減少させないことが示された。
上記の結果に基づき同定された配列を基に共同研究大学にて作製された新規核酸物質（16種類）について、標的遺伝子の抑制効率とがん増殖抑制効果を試験した。複数のがん細胞株に対して各新規核酸物質を添加し、標的遺伝子の発現抑制率および生細胞活性を試験した。その結果、５つの新規核酸物質は標的遺伝子の発現抑制効果が高く、これらの新規核酸物質による生細胞活性の著しい低下が複数のがん細胞株においてみられた。
また、並行して、標的遺伝子の作用機序の解析も進めた。標的遺伝子と相互作用し機能するタンパク質を同定するため、高感度質量分析を行った。複数のがん細胞株の核を単離し、抗Flag抗体またはIgGで免疫沈降を行った。このサンプルについて、質量分析を行い、各細胞における標的遺伝子結合タンパク質が約2000個同定された。