サブプロジェクトA　大腸がんのゲノム解析と空間的遺伝子解析：
大腸がんの周囲微小環境の肝転移に及ぼす影響を検討するため、検体における病原性細菌の空間解析と大腸がん微小環境における細胞の空間解析を行うサンプルの準備を終了した。ナノポアシークエンサーを用いて変異解析を行った結果、複数のスプライシングバリアントを検出した。これらのスプライシングバリアントを空間的発現解析において検出できるようにプローブのデザインを開始した。同時にフソバクテリウムなどをはじめとする病原性バクテリアと、周囲微小環境との相互作用を解析できるようにカスタムプローブを準備した。
サブプロジェクトB　シングルセルRNAシークエンスをはじめとするオミクス解析：
パイプラインの準備は整った。パイプラインの性能については、公開データを用いて確認している。サブプロジェクトAの空間解析データが得られ次第、解析可能である。
サブプロジェクトC　細胞内免疫効果因子の研究とその臨床応用：
大腸がんの周囲微小環境の免疫状態を解析した。腫瘍細胞において外来のRNAまたはDNAが自然免疫機能を誘導するかを合成2本鎖RNA、2本鎖DNA、RNA-DNAハイブリッドを用いて行った。これらは細胞内のセンサータンパク質（RIG1、STING)の反応を誘導し、IFNBなどの遺伝子発現を増加させた。