ヒトの性染色体はXとYであり、その組み合わせにより性が決定される。この性染色体構成差によるX染色体遺伝子量の違いを相殺するため、女性ではエピゲノム制御が作用し、片方のX染色体を不活性化する。これまで、X染色体不活性化機構の研究はマウスを中心に行われてきたが、近年、不活性X染色体の安定性や不活性化を免れる遺伝子数における生物種による違い、特にヒト細胞にける不活性X染色体の不均一性が明らかになってきた。さらに、X染色体状態や不活性化マシナリーが常染色体の挙動（遺伝子発現）に影響を与えるという報告もされているが、その詳細な分子機序理解はまだ不十分である。
本研究開発では、性染色体状態が異なるヒト多能性幹細胞株群を用いて、性染色体数の差や性染色体エピゲノム状態の変動・不安定化が、細胞表現型や機能に与える影響を分子的に理解することを目的とする。令和6年度は、XX型およびXY型を含むヒトiPS細胞株群を用いて、エピゲノム状態の安定性・堅牢性を検証するための実験・解析を行った。また、これらの細胞株についてゲノム安定性を検証するため、ロングリードシーケンスを用いたゲノム解析の準備を進めた。さらに、ハプロタイプを識別したゲノム・エピゲノム解析を高精度に行うため、フェージング解析のためのライブラリー調整を行なった。今後は、さらに異なる性染色体状態を有する細胞株を利用し、広範なデータ取得を進める予定である。