2019年末の新型コロナウイルス感染症(COVID-19)パンデミックは、国際的な感染症サーベイランスと早期対策の重要性を浮き彫りにした。2023年5月から日本では、「入国時感染症ゲノムサーベイランス」が開始され、呼吸器感染症が疑われる入国者を対象にPCR検査とウイルスゲノム解析を実施している。しかし、このサーベイランスは一部の病原体のみに限定され、詳細な分子疫学解析や病原性・抗原性解析は実施されていない。現在、H5N1高病原性鳥インフルエンザやエンテロウイルスD68などの新興・再興感染症、あるいは海外からの流入リスクが高まる病原体(例: アデノウイルス、百日咳菌)の監視が重要性を増している。これに対応するためには、従来のサーベイランスに加え、網羅的で高度な病原体解析を行う仕組みの構築が必要である。REBIND事業に登録された「入国時感染症ゲノムサーベイランス」の検体を活用し、国内流入病原体を網羅的に解析することで分子疫学データを構築するとともに、病原性や抗原性解析に基づいたワクチン・治療薬・診断薬開発に資する基礎データを提供することを目的とした研究を実施する。また、新興・再興感染症発生時には過去の検体を用いて流入病原体の詳細解析を実施する。