本研究開発課題では、これまでに構築した長期コホート研究基盤を発展的に拡充し、COVID-19罹患後症状（いわゆる後遺症）の予後予測手法の開発とその実装を目指している。初年度にあたる2024年度は、研究設計の立案と関係機関との調整を経て、追跡対象者に対する郵送調査を実施した。
具体的には、第二種感染症指定医療機関において2020年3月から2022年7月まで（流行第1～7波）に診断されたCOVID-19患者2,421名から成る長期観察コホートのうち、前回調査時点（2022年11月）に罹患後症状を有していた438名を対象に追跡調査を行い、228名から有効な回答を得た。さらに、オミクロン株系統亜種の出現以降の罹患後症状の変化を評価するため、同医療機関において2024年前半（1〜6月）に診断されたCOVID-19感染者全782名を対象とした新規調査も実施し、286名から有効な回答を得た。これらの結果により、罹患後症状の長期的な経過に関して、年齢別および感染株別の特徴を明らかにした。
また、行政機関においてNGS解析が困難と判断された低ウイルス量のSARS-CoV-2陽性検体1,040件を収集し、独自に開発したウイルスゲノムサーベイランスプロトコルを適用することで、迅速かつ網羅的な変異株の同定を実現した。これにより、従来解析が困難であった検体を含めた変異株動向の継続的なモニタリングに貢献している。