喀痰を用いてDeeplex Myc-TBの実践性を評価し、tNGSによる迅速網羅的薬剤耐性予測の実用体制を整備した。2024年度は計239検体を2〜7日で解析した。AmPORE-TBの評価では、多剤耐性結核菌を含む110株の解析で主要薬剤において高精度であることを確認した。呼気バイオエアロゾルからの結核菌検出を確認し、回収装置の試作をフィルターの改良と共に実施した。（御手洗）
　結核の宿主バイオマーカー開発を目指し、多数の結核患者全血液を用いて、これまでのmRNA転写開始点網羅探索で得られたマーカー候補遺伝子5'エクソンの発現定量を実施した。IFN誘導性遺伝子などとの発現量の相関、発現パターンの特徴からマーカー候補遺伝子とエクソンを絞り込んだ。（慶長）
　多剤耐性結核を含む結核患者の血漿を入院時および退院時、もしくは入院4週間後に採取した。血漿中に含まれる脂質画分をLC-MS/MSで解析することで、治療効果を反映する脂質種の同定を行った。今年度はパイロット解析として、20人分の血漿脂質を解析した。その結果、変動する脂質を同定することができた。（瀬戸）
　行政利用を想定した結核菌ゲノム情報解析システムの開発を進めた。地方衛生研究所から入力されたfastqファイルから薬剤感受性予測、遺伝系統分類、株間の遺伝学的関連性を統一形式で出力し、行政対応に必要な情報をオンラインで迅速・簡便に解析できる基本的な機能を実装した。（村瀬）
　患者由来株のゲノムデータに変異の混在が確認される事例を活用し、各変異を保有する株の単離によって変異蓄積の動向を確かめることができた。これらの変異を任意に検出する手法として、約300株の完全長ゲノム配列を活用したコア領域を検証し、全長の約1/3が活用可能であることが確かめられた。大阪市における全株解析体制の確立にはなお時間を要し、次年度以降集中的に取り組むこととした。（和田）
　2024年度は結核菌とその類縁菌である非結核抗酸菌の共通必須遺伝子の同定に成功した。また、結核菌と非結核性抗酸菌に共通して抗菌活性を示す化合物の複数同定にも成功した。得られた知見から、創薬標的として有望な標的遺伝子の絞り込みを実施した。（港）
　TGS-TBv2の機能のうち、シークエンス情報から分子疫学解析用データの出力までの部分を村瀬グループにより開発されたシステムから取得する形に変更し、このデータに基づくゲノム分子疫学データの可視化分析に重点をおいて開発を行い、可視化分析アプリケーションであるPomegraphを開発した。（佐々木）