本研究課題は感染研 薬剤耐性研究センターの研究者を中心として薬剤耐性菌バンクのリソースを有効活用して、薬剤耐性菌に関する公衆衛生、基礎医学、臨床応用、新規抗菌薬・検査の諸問題を総合的に研究し、薬剤耐性菌の拡散・蔓延防止対策に資する研究開発を行うものである。菅井は分担研究者間の調整、研究班としての研究推進統括を実施した。本年は成果としてNature Communications 2報を含む19報の論文を発表した。本研究では、分担ごとに多角的な取り組みを展開した。
鈴木分担では、2017～2022年にCRE感染症届出患者から分離された株のNGSデータを基に分子疫学解析を実施したほか、地方衛生研究所の協力により2023年以降に分離されたCRE菌株を収集し、薬剤感受性試験を継続的に行った。矢原分担では、薬剤耐性菌サーベイランスシステム（JARBS）の効率的な運用を目的に、プログラムのエラーチェック機能やデータ結合機能を開発し、JARBS2.0の安定運用を実現、令和6年度末までに15回のフィードバックレポートを作成した。また、JARBSデータを抜粋・変換して国際報告GLASS2.0へ提出するためのプログラム開発も進めた。鹿山分担では、Klebsiella属菌のヒト由来株を国立病院機構と連携して収集し、動物由来株としては牛の乳房炎由来株（腸内細菌目を含む）を鳥取大学農学部と協力して収集を開始した。山岸分担では、静岡県東部における複数の医療機関でのバンコマイシン耐性腸球菌（VRE）のアウトブレイクを受け、特に継続的な大規模アウトブレイクが発生している1医療機関に焦点を当て、感染対策の在り方を検討した。久恒分担では、黄色ブドウ球菌の主要な病原因子（TSST-1やPVLなど）に対するELISA法構築に向けて抗体作成を進め、さらに感染モデルマウスの生体イメージング条件を検討したほか、国内VREのゲノム解析および性状解析も行った。菅原分担では、薬剤耐性菌バンクに保存されていた未解析株の全ゲノム解読を進め、新たに4つの薬剤耐性菌パネル（黄色ブドウ球菌ジャパンクローンライブラリー、セフィデロコル耐性菌、難治性緑膿菌、ESBL精度管理用）を作製し、ウェブサイトで公開・分与を開始した。また、Klebsiella oxytocaの全ゲノム解析および薬剤感受性、毒素産生性の解析、保管株に対する有効ファージの単離とライブラリ化、凍結乾燥標品としての保存方法の検討も実施した。青木分担では、これまでに得られた8-hydroxyquinoline（8HQ）系亜鉛ラクタマーゼ阻害剤候補の化学構造を基に、阻害活性と水溶性の両立に向けた改良を行い、有効な薬剤開発に向けた基盤整備を進めた。