先行研究において、日本人の腎細胞がんに、他国ではほとんど検出されない特有の体細胞ゲノム変異シグネチャー(SBS12)が存在し、未知の発がん要因が関与する可能性が高いことを明らかにした。今年度は、SBS12の要因探索・同定を目的とし検討を行う準備を実施した。
生体試料を用いた探索的研究として、変異シグネチャー解析のため、日本人淡明細胞型腎細胞がん(ccRCC）凍結検体並びに同一症例の末梢血リンパ球または非腫瘍部組織からDNAを抽出し、全ゲノム解析を進めている。本研究の対象となる腎臓がん患者の手術検体の採取については、全ゲノム解析、メタボローム解析、アダクトーム解析に対し、1症例あたり、腫瘍部、非腫瘍部、それぞれ1cm角×3－4個を想定し、根治的腎摘除術の患者に絞り(腎部分切除術の場合、十分な組織量が得られないため）サンプリングを実施中である。現在までに20症例から組織を回収しDNA抽出を進めた。また、代謝産物の情報からccRCC発生に関わる環境要因を推測するため、腎組織および末梢血やがん組織から代謝物を抽出し、キャピラリー電気泳動質量分析装置(CE/LC-MS)を用いてノンターゲットメタボローム解析を実施するための手法のカスタマイズを実施した。
また、多目的コホート研究のべースライン調査または5年後調査の参加者の追跡情報より、8例の腎臓がん罹患例が把握できたので、腎臓がん患者の手術検体の分子オミックス解析(体細胞ゲノム変異情報、代謝物情報、DNA付加体情報の統合解析)により検証対象となるバイオマーカー（代謝物情報、DNA付加体情報）が確定した際は、これらの症例に基づき対照群を設定し生体試料の測定を実施する予定である。
一方、既存の環境要因から、腎発がん物質、SBS12と類似したゲノム変異を誘発することが知られている化学物質などに着目し、これらの変異シグネチャー解析についても実施する予定である。今年度はecNGSによる変異シグネチャー解析の構築を試みた。293FT細胞に候補化学物質の一つであるptaquilosideを3週間曝露し、γH2AXによるDNA損傷評価およびecNGS解析を実施した結果、DNA損傷、変異頻度、T>A変異の濃度依存的な増加が認められ、ecNGS解析による評価系を確立できたと考えている。さらに、環境要因候補とSBS12の因果関係については、ナノポアシークエンシングによるDNA損傷（adduct）の特異的なシグナル波形検出を可能にするバイオインフォマティクス解析を考えており、手法開発のため、オリゴヌクレオチド合成の前駆体となるPhIP-C8-dG修飾ヌクレオチドのホスホロアミダイト（PhIP-C8-dG-amidite）を合成した。