本研究開発では、すでに申請者らが同定しているTransposable element（TE）挿入多型であるRBIP-XによるOnco-exaptationの臨床的・免疫学的・病理学的意義を決定すると同時に、RBIP-Xをモデルケースとして新規のがんバイオマーカーとなるTE挿入多型を同定するための解析基盤を構築し、新たなバイオマーカーを探索することを目的とする。また、RBIP-XによるOnco-exaptationの分子機序を解明し、特異的治療法を開発する。令和6年度は令和7年度まで予定していたOnco-exaptationの検出解析基盤の開発に成功し、新規TE/RBIPを2,000種類以上検出することができた。また、RBIP-Xについては、全長配列の決定に成功し、またTCGAデータなどにおけるがん種横断的発現解析を実施したところ、特異的な複数のがん種で発現するのに対して、正常組織では全く発現していないことがRNA-seqベースの解析で判明した。このことから、RBIP-Xは診断・早期診断におけるバイオマーカーとなり得ることがわかった。また、FFPE検体を用いたRBIP-X検出系の構築、健常人の挿入頻度の決定、RBIP-X陽性腫瘍の複数のPDXモデルの樹立にも成功した。RBIP-X発現機序の検討も進めており、現時点では特定のエピジェネティック修飾がRBIP-X発現につながる可能性を把握しており、今後検証を続ける。また、RBIP-Xの発現が膀胱がんの免疫微小環境に与える影響について検討したところ、RBIP-X発現陽性例では陰性例と比較してCD8+ T-cellがより腫瘍内に浸潤していることがわかった。この知見はRBIP-X陽性腫瘍あるいはRBIP-Xが発現しやすいようなエピジェネティックな特徴を持つ腫瘍が、免疫原性が高いことを示唆した。現在TCGAなどの公的データベースやIn houseの臨床/NGSデータを用いてRBIP-Xが臨床的パラメーターに与える影響を後方視的に解析中である。