ゲノム解析技術の発展により遺伝性疾患発症リスクに関与するバリアントが複数同定されてきた。しかし、その一方で臨床的意義が不明の変異（VUS）も大量に同定されているが、１種類のVUSあたりの症例数が少ないため遺伝統計学的な解釈が困難である。また、VUSは大量に存在するため個別にすべてのVUSを評価することも困難である。したがって、VUS保因者の適切な診断および疾患の予防・治療を行う上で、分子生物学的手法によるハイスループットなVUSの意義付けを行うことは重要な課題である。とりわけ本研究では遺伝性の骨髄系腫瘍の発症に寄与するDDX41遺伝子を対象とする。DDX41には多数のVUSが存在し、患者の治療方針、家族・親族のDDX41 VUS保因者への長期的なフォロー、DDX41バリアント保因者をドナーとする造血幹細胞移植においてレシピエントが骨髄系腫瘍を発症するといった点において課題がある。したがって、本研究ではハイスループットなスクリーニング技術を用い、DDX41 バリアントの意義付けを行うことを目的とする。
DDX41は生存に必須な遺伝子であり、その機能喪失により細胞増殖の低下や細胞死をきたす。そこでdTAGシステム(Nabet, Nat Chem Biol. 2018)により内因性のDDX41タンパク質を速やかに分解するHAP1細胞株（1倍体細胞株）を樹立した。この細胞株に外因性にDDX41バリアントを発現させ、dTAGを投与することで、外因性のバリアントの機能を評価する新規のスクリーニング系を確立、実施した。この系ではDDX41のすべての単一アミノ酸置換のうち98.7%にあたる12,321バリアントを評価することが可能であった。その結果、Q41*、R323H、R525Hなどの骨髄性腫瘍患者で観察されるバリアントを含む、機能喪失フェノタイプを持つ1,074種類のDDX41バリアントを同定した。これら1,074バリアントのうち、18バリアントはVUS、3バリアントはconflicting interpretation of pathogenicity、8バリアントはpathogenic、4バリアントはlikey pathogenicとClinVarで分類され、残る1,041バリアントはClinVarで意義付けされていないものであり、令和6年度の研究で実験的機能評価を行なうことができた。