本研究は、中枢神経原発胚細胞腫瘍の組織診断と補助的な腫瘍マーカーによる新分類の妥当性、ジャーミノーマ群で標準治療（A1群）に対して投与線量を減量した試験治療（B1群）の非劣性、悪性胚細胞腫瘍群で標準治療（A2群）に対してメソトレキサート髄注、高用量化学療法を用いる試験治療（B2群）の優越性を検証する。主要評価項目は5年PFS、副次的評価項目は、5年OS、化学放射線療法の奏効率、5年神経機能非悪化割合、5年認知機能非悪化割合、有害事象発生割合である。その他の胚細胞腫瘍群を前向き観察する。施設診断後にJCCG小児固形観察研究から本臨床試験に登録し、ジャーミノーマ群を化学放射線療法23.4 Gy/13回（A1群）、18 Gy/10回（B1群）、悪性胚細胞腫瘍群を全脳全脊髄照射併用化学放射線療法（A2群）、メソトレキサート髄注併用化学放射線療法（B2群）にランダム割付する。一次治療後残存病変は摘出し、B2群は摘出困難な腫瘍残存例に高用量化学療法を行う。