再生医療等製品に特化したウイルスデータベースの構築に関して、京都大学化学研究所附属バイオインフォマティクスセンターが公表している（https://www.genome.jp/virushostdb/）を参考に、研究代表者が開発したwebアプリケーション（https://konoleo.github.io/ncbifasta/）を使用し、FASTA形式のデータベースを作製した。シークエンス後のデータ解析でこのデータベースを用いた場合とnon-targetedのウイルス検出で一般的に使用されているウイルス参照データベースであるRVDB (https://rvdb.dbi.udel.edu/)を用いた場合でウイルスの検出感度に違いがあるか確認した。陽性コントロールにAdを感染させたVero細胞のRNA-Seqデータ、陰性コントロールにウイルスを感染させていないVero細胞のRNA-Seqデータを用いた。RVDBを使用した場合、陰性コントロールにも内在性ウイルス等が由来と考えられるウイルス様配列が検出されたが、新規データベースでこの様な配列をほぼ排除することができた。また、陽性コントロールのAdの検出はRVDBと比較してほぼ同程度であった。この他、データベースに登録されていないウイルスの検出について、HIVやSARS-CoV-2をモデルとして検討したところ、検出するウイルスと全く同じ配列が登録されていなくても、ある程度の遺伝子配列の相同性がある配列が登録されていれば、検出感度に影響なく検出できることを確認した。
mRNAにpoly Aを持たないウイルスの検出に関して、ジカウイルスをモデルとして検討した。Vero細胞にジカウイルスを感染させ、感染が進んだ細胞からtotal RNAを抽出した。このtotal RNAからリボソームRNAを除去し、poly A付加反応を行ったRNAを使ってRNA-Seq用のライブラリ調製を行った。種々の条件を検討し、安定的にジカウイルスを検出できるプロトコールを確立した。