本研究では網羅的な染色体構造異常の解析が不十分な再発、転移症例や予後不良ながん種、病型について全ゲノム解析、RNA解析によりエンハンサー・ハイジャッキングやecDNAをきたして遺伝子高発現をきたしている染色体構造異常を同定する。さらにHiChiPなどの解析により染色体高次構造が変化し、遺伝子発現制御異常の生じる機序を明らかにし、ATAC-seqにより転写因子の活性化を検証する。また、ロングロード解析により、ecDNAの正確な構造や腫瘍内多様性、標的となっているドライバー遺伝子を解析する。さらに初診時および転移、再発時に経時的に採取された検体の染色体構造異常の解析によりエンハンサー・ハイジャッキングやecDNAによる悪性化、治療抵抗性の獲得による再発、転移の機序についても明らかにする。また、シングルセル解析や腫瘍内多様性を持つPDX検体の解析により、これらの染色体構造異常による腫瘍内多様性についても解析する。