(1) 「凍結便」の収集と「生活習慣などに関するアンケート」の収集・解析
国立がん研究センター中央病院と東病院、さらに大阪大学医学部附属病院と香川大学医学部附属病院において症例と右側を継続し、既解析症例を含めて（1：健常者）は約175例、（2：大腸腺腫）＋（3：大腸癌）は約175例の検体収集を行った。
(2) 大腸内視鏡下小腸・大腸ステップバイオプシー検体の収集
大腸内視鏡下小腸・大腸ステップバイオプシーを令和6年度末までの症例を含め120例で行った。
(3) 凍結便を用いたメタゲノム解析ならびにメタボローム解析
若年者を対象に、既解析の症例を含め（1：健常者）は約170例、（2：大腸腺腫）＋（3：大腸癌）は約170例の解析を終了した。
(4) 小腸・大腸ステップバイオプシー検体を用いたエピゲノム・ゲノム解析
同一症例から各部位の生検検体を用いてエピゲノム・ゲノム解析を行った。
大腸内視鏡下小腸・大腸ステップバイオプシーの結果、①若年健常者において右側大腸と左側大腸では遺伝子発現が異なること、②進行大腸癌を有する患者の正常大腸組織は既に「未病状態」で遺伝子発現やメチル化変動があることを同世代健常者と比較して明らかにした（Ikuta S, Saito Y ... Sunakawa H ... Yachida S. Mol Cancer. 2024, 23:249：プレスリリース）。
(5) 小腸・大腸ステップバイオプシー検体を用いた細菌シングルセル解析
細菌シングルセル全ゲノム解析を若年発症大腸腫瘍患者で開始し、試行錯誤しながらも解析パイプラインを構築した。。
(6) 小腸・大腸ステップバイオプシー検体を用いた宿主側シングルセル解析
宿主シングルセルゲノム解析を若年発症大腸腫瘍患者で開始した。