研究開発項目（１）：臨床検体からのサンプル取得と解析準備
子宮体がん症例の手術サンプルを取得し凍結保存した。浸潤T細胞の培養と免疫組織染色を実施した。末梢血からHLAタイピングを実施し、分離PBMCを凍結保存した。
研究開発項目（２）：NAP-seqによる新規抗原クラスの探索・同定
取得済みの大腸がんサンプルをNAP-seq解析（de novo MS sequencing）し、新規抗原クラスに属するペプチド配列を同定した。がん組織と正常組織でHLA提示量を比較し、がん抗原候補となるペプチド配列をリスト化した。
研究開発項目（３）：NESSIEによる免疫原性ネオアンチゲン検出
大腸がんサンプルをNESSIE解析し、ネオアンチゲン配列を同定した。とくにdMMR症例では既存の方法（NetMHC）を上回る特異度で、臨床的に意義のある（患者TILが反応する）ネオアンチゲンを同定できた。さらに反応T細胞をクローン化しTCR配列を取得した。MHCクラスIのみならず、MHCクラスIIネオアンチゲンを同定するパイプラインを構築することができた。実際に大腸がん症例より検出したHLAクラスIIネオアンチゲンに対する患者CD4+T細胞反応を確認できた。MHCクラスIIネオアンチゲンを同定する手法は世界的にみてもまだ確立されていないため、実用化に向けた大きなアドバンテージになると考えている。マウスを用いた動物モデルで検出ネオアンチゲンのワクチン投与により、腫瘍増殖が抑制されること、およびネオアンチゲンワクチンは免疫チェックポイント阻害剤との併用により極めて高い奏効率を達成できるデータを取得した。研究成果を論文報告した（Tokita S. et al. 2024 Science Advances）。
研究開発項目（４）：抗原特異的TCRを可視化した１細胞レベルのT細胞解析
子宮体がんサンプルからHLAクラスIIネオ抗原を同定し、TILからネオ抗原反応性CD4+T細胞を検出した。さらにscRNA-seq/TCR-seq解析から、ネオ抗原反応性CD4+T細胞クラスターを特定した。ネオ抗原CD4+T細胞が細胞傷害性機能を有していることを見出した。研究成果を論文報告した（Fusagawa M. et al. 2024 Cancer Immunology Research）。