令和６年度は設定した主要マイルストーンを全て達成し、選定した遺伝子変異 を軸とする RNAスプライシング異常が肺がんの治療標的となり得ることを in vitro／in vivo の両面で実証した。構築した解析パイプライン、創薬シーズはいずれも次年度の臨床導出と産学連携を加速する基盤となり、わが国発の新規がん治療法開発へ大きく寄与すると考えられる。
研究開発項目１：包括的な異常スプライシングデータベースの構築とゲノム解析との統合理解
研究代表者らの収集した1000例以上の肺がんのゲノムシークエンスデータおよび500例のTCGAゲノム情報を組み入れつつ、大規模ゲノム情報を収集し、データの格納を完了する。FASTQファイルをリファレンスゲノムへマッピングし解析ファイルを作成した（マイルストーン１−１の達成：R6Q2）。ゲノム情報をもとに有意な変異変出パイプラインを実行することで)を用いて肺がんにおいて統計的に有意に検出される変異集積を検出する（マイルストーン１−２の達成：R6Q4）。院内 1034例と TCGA 578 例を合わせたゲノム・トランスクリプトームを整備し、rMATsを実行することでスプライシングイベントを登録する DB を構築した。
研究開発項目２：ロングリードシークエンスを用いたRNA構造と修飾の解析法の開発
【項目１】にて選定したRNA変化クラスターに関連する遺伝子変異を選定し、がん細胞株に対してCrispr/cas9システムを用いて該当遺伝子異常をKnock-outモデルを複数細胞株、複数クローンを作成した（マイルストーン２−１の達成：R6Q3）。作成した野生型と変異株からRNAを抽出し、isogenic細胞株間でフェノタイプとしてRNA変化をillumina社のショートリードのRNAシークエンスの解析を開始させた。
研究開発項目３：RNAプロセッシング遺伝子異常の機能解析と脆弱性の探索
RNAシークエンス情報を統合し、選択的スプライス変化と遺伝子発現との関連性を調べ、がん形質獲得に重要な遺伝子やパスウェイを抽出するためのシークエンス情報の解析を行った（マイルストーン３−１の達成：R6Q4）。また、薬剤処理やsiRNAやCrispr/cas9による関連遺伝子の発現調節を行った細胞株に対してもRNAシークエンスを実施し、阻害剤や関連遺伝子の効果が選択的スプライシング変化と遺伝子発現へ与える影響を調べた。作成した細胞モデルに対して、スクリーニングから抽出された、RNAスプライシング関連タンパクRBM39に結合するSulfonamideに対して野生型に比較し、脆弱性を確認した。