本研究開発では、染色体動態を制御するタンパク質Xに対し、特定のドメインに結合することで、その活性を変化させる効果のある特殊環状ペプチド・小分子化合物の開発を目指している。令和6年度は、技術支援を受け、これまでに大規模スクリーニングにより得られたヒット特殊環状ペプチドの中から、その効果が高かった（力価が高かった）2種のペプチドについて、力価の向上と細胞内移行性の改善を目指しAlanine-scan mutagenesis、Deep scan mutagenesisやcysteamine-gridgeの手法により、アミノ酸変異を導入した。合計31種の変異ペプチドを作成し、in vitroで力価の改善を4種に認め、またがん細胞の増殖に対する毒性効果を2種に認めた。現在、この2種の変異ペプチドについて、さらなる改良を試みている。また、小分子化合物については、タンパク質Xの活性変化を検出することができる独自に開発したTR-FRET系により、NDepo, 東大コアの天然化合物ライブラリーを用いた１次スクリーニングを実施した。今後、ヒット化合物についてキナーゼアッセイによる２次スクリーニングを予定している。またこれらに並行して、細胞内でのタンパク質Xの活性をモニタリングするために、AlphaFold3を用いた構造予測を活用して、in-cell single-molecule FRETの系を構築した。現在、系の最適化に取り組んでいる。このFRET系を用いて、ヒット化合物・ペプチドの細胞内でのタンパク質Xの活性に対する作用効果を評価する予定である。本研究開発で得られた知見に関連して、国内外での学会・シンポジウムで13件の発表を行った。