2023年度は、全てのプロテオーム分析を完了させ、さらにPDX癌組織エクソームを用いた、癌変異タンパク質に由来する抗原同定を試みた。血漿プロテオーム解析からは最終的に2,411個の血漿タンパク質が同定でき、極めて高深度な早期膵癌血漿プロテオームデータの取得に成功した。同一の血漿検体、また膵癌PDX組織と血漿がペアで収集できた2症例においてもIgG結合抗原プロテオーム解析を行った。その結果、全体で1,579個の抗原タンパク質を同定し、微量タンパク質解析と同様に、膵癌の進行度への関連や、膵癌・正常膵組織における遺伝子発現情報に基づいて新規バイオマーカー候補を選択した。
さらに膵癌に対する免疫応答ダイナミクスをより俯瞰的にとらえるために、我々は、IgAやIgMにも強い結合性を持つProtein Lカラム・Protein Aカラムのタンデムクロマトグラフィーを構築した。早期膵癌血漿を用いてこのIgA/IgM結合抗原プロテオーム解析を行ったところ、全体で1,515個の抗原タンパク質が同定された。膵癌症例で正常対照に比較して増加していた抗原タンパク質は、IgG結合抗原とIgA/IgM結合抗原とで大きく異なっており、膵癌液性免疫応答における新たな知見が得られる可能性を示唆していた。
次に、IgG/IgA/IgM結合抗原プロテオームデータにおいて、遺伝子変異に由来する抗原(ネオアンチゲン)の同定を試みた。本年度は、膵癌PDXモデル20例の全エクソーム解析から同定した体細胞遺伝子変異を統合して、膵癌変異タンパク質アミノ酸データベースを作成した。その結果、IgG結合抗原プロテオームから変異タンパク質やNon-coding RNA由来翻訳ペプチド(マイクロペプチド)が複数同定された。公共データベースとの統合解析を行ったところ、既存のヒトプロテオームデータベースには存在しない2種類のマイクロペプチドが同定でき、我々のIgG結合抗原プロテオーム解析が、未知の癌抗原同定に有用であることが示唆された。
バイオマーカー候補については、愛知県がんセンター内のキャンサーバイオバンク愛知(CBBA)から提供された、独立した血漿サンプルセット(膵癌手術例77例、臨床因子をマッチさせた正常対照231例)を用いて、期検証を進めている。このうち、現在までに、CA19-9を含む血漿タンパク質4種類について初期検証が完了した。CA19-9のAUCは0.747で、新規バイオマーカーのAUCは0.652～0.724と有望な診断精度を有していた。現在は、バイオマーカーのさらなる検証として、膵癌高リスク疾患として慢性膵炎と膵のう胞性疾患に着目し、それぞれに最適化した、臨床上有用な診断精度を持つバイオマーカーパネルの開発を進めている。