インドにおいて分離されたヒト由来CampylobacterおよびETEC（毒素原性大腸菌）のゲノム解析を実施し、系統解析・resistome解析・mobilome解析およびインド分離株と日本で分離株とのゲノム比較を実施した。そして両菌種ともにインドでは世界的な流行系統とは異なる系統が流行していることを明らかとした。Campylobacterについては抗菌薬耐性因子に関しては日本分離株でほぼ見られなかったマクロライド耐性株が多かったこと、またテトラサイクリン耐性に関しては、日本分離株はすべてプラスミド性であったが、インド分離株では半数がゲノム性であることなどを見出した。ETECについては日本国内のヒト由来株よりも動物由来株の方にむしろ近いという結果を得た。テトラサイクリン耐性について、日本ではヒト由来株はtetAよりもtetBを保有する傾向があり、動物由来株はtetBよりもtetAを保有する傾向があることも特徴的であった。その他、新しいタイプのプラスミドも同定した。
またモバイルエレメントを多く含む本研究課題に適した長鎖、短鎖新型シーケンサーハイブリッドでの細菌ゲノム決定、アノテーション手法を決定した。そして、多株比較ゲノム解析については、機能やレジストーム解析に適したソフトウェアとして、Roary, Panarooを用い、病原性などとのゲノム関連解析には、Pyseer, DBGWAS, SCOARY, HAWKを用いることとした。さらに、Resistome解析（データベース）には、ARGminer、 CARD2020、MEGARes 2を用い、オンラインでのゲノム系統樹作成はREALPHY, CSI Phylogenyを用いることにした。このように情報解析ツールとその使用方法を決定し、種々の細菌株に適用した。これらの結果により、今後のゲノム解析をより効率的に行えるようになった。
さらにコレラ流行株の完全ゲノム解析を行い、近年の流行株ではCTXΦプロファージ領域に変化が生じている事や、ゲノム上の特定の領域のDNA量が増加している現象を見出した。そこで今年度はCTXΦプロファージゲノム上の遺伝子とゲノム領域の増加現象との関係を解析した。その結果、CTXΦ以外のコレラ流行株に特異的な遺伝子の影響により、第一染色体の特定の領域が増加することが示唆された。