研究参加施設であるUniversity of California San Francisco (UCSF)及びUniversity of the Philippines Manila (UPM)が共同で実施している共同研究（US NIH-funded project (R01AI121144: Improving the molecular diagnosis of drug resistant TB)）で分離された結核菌株からPre-XDR/XDR-TBを選定し、その中からフルオロキノロン（FQ）耐性あるいは二次薬（注射剤及びBDQ, DLM, LZD and MFLX）耐性でかつ既知のFQおよび二次薬耐性変異を持たない結核菌株を同定する。検査の信頼性からMFLXのサロゲートドラッグとしてLevofloxacinをFQ耐性の基準とし、FQ耐性91株とコントロールとしてのFQ感受性株34株を選定し、PacBio RS IIにて完全長ゲノムシークエンスの決定とメチレーション解析を実施した。コントロール株と対象となるPre-XDR/XDR-TB株についてゲノムシークエンスの比較を行い、PE/PPEを含む完全長シークエンス間でTop 20の遺伝子を同定する（McNemar’s test）については、現在UPMで解析を継続している。３種のDNAメチル化酵素（MamA, MamB及びHsdM）によるメチル化箇所（m6A）の検出を行ったところ、５種のメチル化パターンが検出された。このうちメジャーなパターンは以下の３種であり、いずれもFQ耐性株と感受性株における割合に有意差は見られなかった。(1) MamA－（FQ耐：77%, 感：69％）、(2) MamA－, MamB－（FQ耐：13%, 感：14％）、(3) HsdM－（FQ耐：7%, 感：17％）。FQ耐性との関連性についてはgyrA上にFQ耐性変異を持った株について比較解析を行う必要があるため、MiSeqによる全ゲノム解析データも合わせて、ゲノム上の遺伝子転写制御領域を中心にメチル化状態の解析を継続して行く。