研究開始日（R4年4月1日）より現在（R5年3月31日）まで希少難病関連の1567サンプルを受領し、812サンプルの全エクソーム解析を施行した。ロングリード全ゲノムシーケンスは193サンプル施工した。本年度研究期間内にショートリードシーケンサーを用いて世界に先駆け、以下の5疾患の遺伝的原因を明らかにし、研究期間の最終年度（3年目）として順調に推移した。
・CANVAS：RFC1複合ヘテロ接合性リピート伸長によるリピート病の証明（Brain 2022）
・進行性核上性麻痺：Filamin A増幅（Sci Adv 2022）
・末梢神経過興奮症候群：LGI変異（Am J Hum Genet 2022）
・小頭症・低身長・心臓異常・貧血を呈する疾患：SLF2とSMC5変異（Nat Commun 2022）
・神経退行・進行性痙性麻痺：SNAPC4変異（Am J Hum Genet 2023）
ショートリードでは、Cornelia de Lange症候群（CdLS）、Coffin-Siris症候群、Kabuki症候群の症例由来の株化リンパ芽球を用いてRNA seqを行い、特にCdLSに於いてtranscript異常から病的変異を見出す系を確立し、スプライス異常を来すdeep intron変異を同定した（Genomics 2022）。ロングリードシーケンサーではdry手法で領域を指定してターゲットシーケンスするセレクティブシーケンス法を確立、ヒトで知られている全リピート病（59疾患）を80時間で完了する迅速スクリーニング系を開発した（npj Genom Med 2022）。エピゲノム解析においてはロングリードシーケンスデータから5メチルシトシンを検出する新たなソフトウェアMethylstatを確立し、ONT社のロングリードデータのメチル化解析を確立し、加えてPacBio社のHiFiロングリードデータにおいても5メチルシトシンを高精度に検出できる系を確立、両ロングリードプラットフォームでも高い一致率を確認した。この検出系を用いてBeckwith-Wiedemann症候群のゲノムメチル化の検討が進行している。最終年度にoptical genome mappingの解析機器Saphyrを導入し、既にロングリードシーケンサー等でゲノム構造異常が明らかな症例をポジティブコントロールとして解析し、基本的な構造異常はほぼ漏れなく検出することが確認でき、今後の網羅的ゲノム構造異常の解析が加速することが期待される。