日本小児がんグループ（JCCG）が小児急性骨髄性白血病（AML）患者を対象に実施した本邦の臨床試験であるAML-12試験に登録・加療され、検体の得られた372例に対して、網羅的に遺伝子解析を行った。いずれのデータも今後実施されるAML-12検体を用いた発展的研究を行う際の共通データベースとして必須となるデータである。遺伝子変異解析は、これまでにAMLで報告された遺伝子を中心に507遺伝子の変異解析を行い、約10,000個の変異を同定した。これまでの臨床研究や海外の報告と比較する形で低リスク群・中間リスク群・高リスク群それぞれに特徴的な遺伝子の同定・予後の検討を行うとともに新規に複数の遺伝子変異の関与を同定した。また、正常、腫瘍ペアで検体が存在する90例を対象に全ゲノム解析を実施した。こちらは非翻訳領域の解析やコピー数異常等の構造異常、germline変異の関与を中心に解析を行っている。さらに、RNA-sequencingを262例で実施し、新規融合遺伝子の同定、網羅的な発現解析を行った。また、RNA-seqで得られた予後層別化に影響を及ぼすと考えられる遺伝子発現異常に関してはリアルタイムPCRを用いて定量的な評価を行っている。そして、Genome-wideのDNAメチル化解析を計197例で実施した。DNAメチル化は遺伝子異常と強く相関しており、遺伝子発現に比し、強固にAMLの遺伝子異常の特徴を示す結果が得られた。網羅的なDNAメチル化解析を行うことにより、詳細なリスク層別化ならびに治療標的の同定が可能になるものと考えられた。さらに、予後不良と関連する新規の遺伝子異常として、DOCK1遺伝子の高発現を同定した。、最も予後不良な融合で遺伝子の一つであるFUS-ERG陽性AMLではDOCK1高発現を呈していることから、DOCK1高発現の意義を解明するために、AML細胞株を用いたDOCK1阻害剤の効果の検証を行った。本研究開発の主目的は、安価かつ高精度にリアルタイムに小児AML臨床試験のリスク層別化に利用できるフローを構築することであることから、令和4年度は遺伝子変異、融合遺伝子、遺伝子発現、染色体構造異常、DNAメチル化異常を統合的に解析し、新たな予後予測モデルを構築した。