本研究では、ハイリスク患者選別のためのCOVID-19ウイルスに対する抗原特異的免疫応答の網羅的評価法を策定することを目的とし、本年度では以下の成績を得た。
COVID-19関連HLA多型の同定では、高解像度DNAタイピングに基づく臨床情報との関連解析から、重症度とA*02:03、C*03:04およびDRB1*16:02との有意な関連が示唆された。
患者末梢血を用いた特異的抗体の同定では、感染初期患者や健常者のPBMC由来のRNA検体を用いてBCRレパトア解析を行った。また、感染初期に特徴的なレパトアの傾向を評価するため、可変部（V）遺伝子の存在頻度について統計解析を行った。その結果、筋痛性脳脊髄炎/慢性疲労症候群（ME/CFS）患者に観察されるIGHV3-30やIGHV3-30-3がCOVID-19患者で増加していることが認められた。
大規模生命情報解析では、患者由来のHLAタイピング結果、TCR/BCRレパトア解析結果およびRNA-Seqデータを集約したマルチオミックス解析を実施した。その結果、検体は3群にクラスタ化され、うち1群は重症化患者群をよく反映していた。クラスタ分類に有意に寄与する説明変数を抽出することで、重症化への関与が示唆される要素が取得でき、その上位には、単核球関連、サイトカイン関連遺伝子発現が高頻度にみられた。並行して、遺伝子発現解析の結果にGSEA (Gene Set Enrichment Analysis)を適用した結果、重症化群では樹状細胞遺伝子群、ケモカイン遺伝子群、単核球遺伝子群がエンリッチされ、これら遺伝子群が重症化に関与することが示唆された。
患者末梢血を用いた特異的抗体の同定では、COVID-19患者検体およびCOVID-19ワクチン接種者検体よりPBMCを単離し、血漿成分を用いてSARS-CoV-2バリアント株（アルファ、ベター、ガンマ、デルタ株）に対する中和活性を測定した。アルファ株の患者は感染６か月後の中和活性レベルは低下する傾向が認められ、さらにはガンマ、デルタ株に対する活性レベルが低いことが明らかとなった。また、同患者検体より、発症12か月後の検体およびワクチン接種者を採取し、抗体活性およびBCR遺伝子の解析により、中和活性と相関するBCR遺伝子使用頻度を検討した。