(1) DAA治療後のウイルス残存・耐性化を規定するウイルス因子の解析と臨床応用
● 1分子シークエンサーにrolling circle amplification (RCA)法を導入、高精度にHCV全ゲノムを決定、HCV haplotypingを行うシステムを構築した。
● Glecaprevir/Pibrentasvir治療においてQ24K、P32del、Q24K、L28V、R30H、A92Kが耐性に関与することを示した。
● DAAs不成功症例に対するSofosbuvir, Velpatasvir Ribavirin併用療法と耐性変異について検討、L31F＋P32delの2重変異1例では再燃した。

(2) DAA治療後の発癌抑止、肝機能・線維化・門脈圧改善における治療前ウイルス因子の検討
● 血液を用いたhTERT変異検出リキッドバイオプシーシステムを構築、肝がん治療における予後予測マーカーとなることを示した。
● 肝癌既往のないSVR症例におけるM2BPGi高値は、肝以外のイベント発生も含め予後不良因子となることを示した。
● HCVが肝星細胞内で複製すること、一方、粒子形成はなく、DAA治療への反応性は低いことを示した。

(3) DAA治療後の耐性化・病態進展・発癌におけるウイルス因子の基礎的メカニズムの解明
● 1分子ロング・シークエンス法を応用、DAA治療不成功となった慢性肝炎症例において、治療前後で特異的なRASを有するHCV haplotypeの交代が生じることを示した。
● ゲノタイプ2型HCVを用いた培養系にて、ゲノタイプ 1型で見られるNS5A P32欠失をゲノタイプ2型に導入してもHCVに増殖能力がなくなること、NS5A-F28S/M31I変異の薬剤耐性プロフィールを明らかにした。
● HCV感染マウスにpibrentasvirを単独投与することにより、ヒトで見られるNS5A-P32欠失、NS5A-P29欠失などの高度耐性HCV、あるいはこれまで報告のないNS5A-F37Yなど多彩な変異HCVを作出することに成功した。

(4) C型肝炎のDAA治療前後の高度進展病態形成に影響するウイルス因子の検討
● HCVウイルス配列を用い、DAA奏功性を予測する人工知能（AI）アルゴリズムを開発、サポートベクターマシン（SVM）アルゴリズムが優れていることを示した。
● 肝癌組織中に浸潤するマクロファージについて、多重蛍光免疫染色および機械学習アルゴリズムを用いて解析、CD163陽性・円形マクロファージは腫瘍内CD8陽性細胞数および無再発生存期間と相関することを示した。
● 非代償性肝硬変においては構造領域の欠失HCVが高頻度に出現すること、また非代償性肝硬変における同領域欠失は特定の抗原性およびinterferon感受性の異なるHCV haplotypeのescapeにより出現する可能性があることを示した。
● 肝移植例における多剤耐性HCVの動態解析を行い、多剤耐性HCVは治療前に存在する耐性変異株が、他の耐性変異を獲得することによって生じることを示した。