新規ウイルス試験法を樹立するために国際研究グループAVDTIG (Advanced Virus Detection Technology Interest Group, 代表Arifa Khan, FDA)による国際共同研究に参加し、立案・計画された多施設国際共同試験を進めて来た。
神戸大学では、令和3年度は、令和2年度に決定したSpiking Study #3のプロトコルに従って，NGSによるウイルス試験法に関する研究計画内容の細部に関する確認を行った。潜伏感染しているウイルスをモデルウイルスとして採用し、潜伏感染しているウイルスをどのような感度で検出できるかを神戸大学を含む欧米の複数の施設で行い、その結果を比較検討した。共通プロトコルに従いウイルスに慢性感染し細胞を非感染細胞に比率を変えて混合し、RNAを調製した後、NGSで解析を行った、引き続き潜伏感染時に発現している遺伝子の検出を行い、検出限界等を明らかにした。この成果は共同研究機関で取りまとめ中である。並行してR2年度から始まったlong read次世代シーケンサーでをウイルス試験に利用する国際研究プロジェクトが進行中であり、R3年度は，国際共同研究計画について検討し，共通プロトコルが決定した。
国立医薬品食品衛生研究所ではNGSを用いた細胞加工製品のin vitroウイルス安全性試験の開発を行い、NGSを利用した細胞加工製品のウイルス安全性評価法の実用化を目指している。令和3年度は、2種類のNGS (イルミナ社のHi-seq；ショートリード、ナノポア社のGridION；ロングリード) を用いて、ウイルス由来の核酸の検出限界および測定時の留意点について検討した。アデノウイルスをモデルウイルスとして用いて、非感染細胞とアデノウイルス感染細胞のそれぞれから精製したRNAを各比率で混合したサンプルを、2種類のNGSにて測定した。解析を行い、ウイルスデータベースのアデノウイルスゲノムにマッピングされたリード数を基準に評価した。それぞれのNGSにおける検出限界を明らかにし、NGSの機構や原理の違いによるウイルス検出への影響は少ないことが示唆された。また、NGSでは複数のサンプルを同時に測定するが可能であり、サンプル識別には、インデックスを付与する必要がある。インデックスの影響を検討し、インデックスやポジティブコントロールの量により偽陽性のリード数が異なることが示された。