本事業は、NBRP中核的拠点「一般微生物」、「病原真核微生物」および「病原細菌」が連携し、各中核的拠点が保有する広範な微生物種を対象に、質量分析 MALDI-TOF MS によってマススペクトル（MS）データを取得し、レファレンスデータとして整備するものである。これにより、これまではデータの欠落により不可能だった広範な微生物種の MALDI-TOF MS による迅速同定を可能にする。各中核的拠点が保有し、既存の MALDI-TOF MS データベースではMSデータの整備が不十分な菌種について、令和2年度・3年度で1,700株（「一般微生物」: 1,060株、「病原真核微生物」: 320株、「病原細菌」: 320株）程度のMSデータ取得を目指すものである。
　一般微生物」においては、941株についてMSデータ取得のための条件検討を行った。このうち、良好なMS波形が得られたものについてレファレンスデータ登録に必要な測定を順次行い、151株についてデータを取得した。岐阜大学では、データベース構築用候補株として、1,044株の予備測定データを取得した。次年度はこの株の中からMSデータを取得する。千葉大では、75株についてレファレンスデータ登録に必要な測定を行った。
　新型コロナウイルス感染症拡大にかかる緊急事態宣言発出により、令和2年度は現場出勤が著しく制限された。この影響で、事業の進捗が当初計画より遅れている。しかしながら、測定作業の効率化によって遅れを取り戻しつつあり、令和3年6月30日時点での測定数の達成状況は、一般微生物：約50%（530株）、病原真核微生物：約45%（150株）、病原細菌：約30%（100株）、である。3機関とも令和3年度内にはMSデータ取得目標値を達成できる見通しである。令和4年度上半期を目途にMSデータを公開する予定である。