本課題は、NBRP実験動物マウスの中核機関である理化学研究所バイオリソース研究センター（理研BRC）に寄託され、提供実績のある疾患及び健常モデルのマウス近交系統5種類を対象にして、長鎖配列解析によるゲノム情報整備を行うことを目的としている。対象とする近交系統（略称；疾患モデル）は、FLS/Shi（FLS；非アルコール性脂肪肝炎）、NC/Nga（NC；アトピー性皮膚炎）、STR/OrtCrlj（STR；遺伝性変形性関節症)、日本産モロシヌス亜種由来のJF1/Ms（JF1；ヒルシュスプルング病 [厚労省指定難病291])、ならびに同亜種由来のMSM/Ms（MSM；健常型）である。これらは、日本で開発されたか、あるいは、現時点で理研BRCが唯一の提供機関となっている系統である。
　本整備では、まずFLS、NC、STR系統の各個体より試料を収集し、それらを使用して高分子DNAを精製した。JF1およびMSMについては、凍結保存試料より高分子DNAを精製した。高分子DNAは品質検査を行ったのち、長鎖配列解析および短鎖配列解析に用いるライブラリをそれぞれ作製して解析を行った。長鎖配列解析により、NCは330.5 Gbp、FLSは306.0 Gb、STRは367.0 Gbp、JF1は315.4 Gbp、MSMは365.3 Gbpのデータを得た。次に、短鎖配列解析を行い、NCは260.5Gbp、FLSは257.2Gbp、STRは252.2Gbp、MSM は244.0Gbpのデータを得た。JF1の短鎖配列解析データについては、申請者が2017年度に同整備事業で取得したものを利用する。以上、長鎖配列解析および短鎖配列解析とも、申請時の目標を超える成果（長鎖配列解析はゲノムの100倍程度、短鎖配列解析はゲノムの60倍程度）を得た。以上のデータは、表記5系統の高品質ゲノム情報を効果的に整備するために、現時点で十分な量である。
　本課題は、国立遺伝学研究所の生命情報研究センター比較ゲノム解析研究室および先端ゲノミクス推進センター、さらに情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ゲノムデータ解析支援センターと共同で実施した。また、理研BRC実験動物開発室およびマウス表現型解析開発チームの協力を得た。すべてのゲノム解析データは、DDBJに登録済みである（DRA011245）。