病原真核微生物の収集、保存、提供体制の整備
研究課題情報
- 課題管理番号
- 20km0210127j0004
- 統合プロジェクト(二期)
ゲノム・データ基盤プロジェクト<第二期>
- 9つの連携分野プロジェクト
その他<第一期>
- 事業名
ナショナルバイオリソースプロジェクト
- タグ(2020)
研究の性格: その他
開発フェーズ: 基礎的
対象疾患: 該当なし<対象とする疾患なし>
- タグ(2019)
研究の性格: 研究基盤及び創薬基盤の整備研究<創薬技術・ICT基盤・プラットフォーム関係含む>
開発フェーズ: 基礎的
承認上の分類: 薬機法分類非該当
対象疾患: 該当なし<対象とする疾患なし>
- タグ(2018)
研究の性格: 研究基盤及び創薬基盤の整備研究<創薬技術・ICT基盤・プラットフォーム関係含む>
開発フェーズ: 該当なし
承認上の分類: 薬機法分類非該当
対象疾患: 該当なし<対象とする疾患なし>
- タグ(2017)
研究の性格: その他
開発フェーズ: 該当なし
承認上の分類: 薬機法分類非該当
対象疾患: 該当なし<対象とする疾患なし>
- 代表研究機関
- 国立大学法人千葉大学
- 研究代表者
(2020) 矢口貴志, 国立大学法人千葉大学, 真菌医学研究センター・准教授
(2019) 矢口貴志, 国立大学法人千葉大学, 真菌医学研究センター・准教授
(2018) 矢口貴志, 国立大学法人千葉大学, 真菌医学研究センター・准教授
(2017) 矢口貴志, 国立大学法人千葉大学, 真菌医学研究センター・准教授
- 研究期間
- 2017年度 - 2020年度
- 課題への総配分額
- 72,256 千円
- 研究概要(2020)
- 今後起こりうるいかなる感染症にも対応可能なレファレンスとしての病原真核微生物株のコレクションを目的とし、以下の項目を実施する。真菌(含む放線菌)・原虫のいずれにおいても、(1) 基準株(あるいは標準株)、(2) クラス 2、3 の高度病原菌、 (3) これまで感染例の報告のある全ての真菌・原虫種、さらには、(4) 感染症の動向調査や薬剤開発のために必要となる新鮮な臨床分離株等を収集・保存・提供することを主たる目的としている。また、個々の株において、質的向上を図るために、(5) 重要な株の遺伝子配列(真菌では ITS、D1/D2 の塩基配列、原虫では必須遺伝子等)を決定、さらに、(6) 最新の菌学的性状、臨床情報等をデータベースとして整備し、研究等に使用する菌株の選択に役立つ情報として公開する。
- 研究概要(2019)
- 今後起こりうるいかなる感染症にも対応可能なレファレンスとしての病原真核微生物株のコレクションを目的とし、以下の項目を実施する。真菌(含む放線菌)・原虫のいずれにおいても、(1) 基準株(あるいは標準株)、(2) クラス 2、3 の高度病原菌、 (3) これまで感染例の報告のある全ての真菌・原虫種、さらには、(4) 感染症の動向調査や薬剤開発のために必要となる新鮮な臨床分離株等を収集・保存・提供することを主たる目的としている。また、個々の株において、質的向上を図るために、(5) 重要な株の遺伝子配列(真菌では ITS、D1/D2 の塩基配列、原虫では必須遺伝子等)を決定、さらに、(6) 最新の菌学的性状、臨床情報等をデータベースとして整備し、研究等に使用する菌株の選択に役立つ情報として公開する。
- 研究概要(2018)
- 今後起こりうる感染症に対応可能な病原真核微生物株のコレクションを目的とし,真菌・原虫種において、基準株、新鮮な臨床分離株を主として収集・保存・提供する。最新の菌学的性状、臨床情報等をデータベースとして整備し、公開する。
- 研究概要(2017)
- 今後いかなる感染症が起っても、それに対応できる病原真核微生物株コレクションを目指し、病原微生物株の収集、保存、提供を実施した。 千葉大においては、これまで病原真菌・放線菌として報告された菌種を中心に標準株としての利用価値のある品揃えを目標とし、収集、提供を実施した。さらに、近年、医真菌分野で着目されている菌種、例えば薬剤耐性を有するAspergillusを重点的に収集した。 長崎大では、国内唯一の病原性原虫リソース・センターとして、原虫株の収集・保存・提供と、国内の研究機関や教育機関等が現在保有する原虫株情報を一挙に収集し、常時公開して原虫リソースを材料とする研究者や教育者への便宜を図った。 運営委員会を開催し、事業の進捗状況、真菌、原虫の連携、分譲費用の見直し、今後の活動などを議論した。 分譲株課金システムを着実に運用するとともに、利用者に利便性のあるシステムに改善している。当該年度は千葉大学の病原真菌・放線菌のカタログページに原虫のリンクを追加した。 医療機関からの菌株の同定、性状解析の依頼を通じて得られたデータをユーザーにフィードバックし、講習会、学会、論文発表のサポートなど通じて、ユーザーの教育にも貢献した。
研究成果情報
2020
2019
2018
2017
成果の概要
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代表機関:令和2年度における各項目の実施状況は以下のとおりである。
(1)菌株の収集と保存・提供
① 収集(目標:500 株)
国内外の研究機関、医療機関などとの連携により、新たに真菌 788株、放線菌 98 株、計 886 株を収集した。需要の多い5年以内に臨床検体から分離された菌株(新鮮な臨床株)を中心に研究機関からの寄託により収集を実施した。中でも、これまで使用実績の多いAspergillusの薬剤耐性株の収集を継続し、近年問題となっている薬剤耐性のある白癬菌の収集に注力した。また、注目される論文使用株(Cryptococcusの耐性菌、新種の白癬菌、白癬菌において薬剤耐性に関する遺伝子を欠損させた組換え体など)の寄託を受け、レファレンス株の充実に努めた。以上の方法で目標とする 500 株の収集に達した。
② 保存(目標:25,978株)
保存累計数は、真菌 22,798 株、放線菌 2,987 株、計 25,785 株だった。保存に当たっては、形態、遺伝子情報による正確な同定を実施し、遺伝子情報、臨床情報などを付加して高品質化を図った。遺伝子情報のない保存株の品質管理を進めて、形態での同定と遺伝子配列が一致しない株など相当数の廃棄株が発生したため、収集数が100%超えながら保存総数では100%未満となった。
③ 提供(目標:50件(名)、500 株)
提供数は真菌 43件(198株)、放線菌 5 件(6 株)計 48件(204株)であった。提供件数はほぼ目標通りであったが、提供菌株数は目標値500株に対し204株(41%)と大きく減少した。減少の要因はコロナ禍の影響のため、1) 民間企業、特に1件10株以上の利用が皆無となったこと、2) 病原真菌講習会の中止により教育株の提供がなかったこと(令和元年度は184株提供)、3) 国際輸送が困難になり(停止し)海外の利用が減少したこと、などが考えられる。
(2)保存株の管理、品質向上に関する業務
白癬菌の保存株の再検査に注力していたが、概ね終了した。令和2年度後半からAspergillus属の遺伝子解読の追加検査(β-tubulin、calmodulin、RPB2等)に移行している。令和2年度に導入したMALDI-TOF MSによる真菌の迅速識別用ライブラリー構築を通し、白癬菌(Trichophyton)と酵母(Malassezia、Candida等)の品質管理の効率化の検討を開始した。
(3)広報活動
令和2年11月に日本分子生物学会、令和3年3月に日本細菌学会での展示などを通じて、リソース保存業務の広報活動を実施した。しかし、例年の対面展示より来訪者数は減少した。病原真菌講習会は開催できなかったが、学会及び論文発表のサポートなど通じて、ユーザーの教育にも貢献した。また、リソースの特徴、新規に保存した注目菌株の紹介をニュースレターとして年2回の配信を実施した。
(4)Web情報更新、データベース改善
分譲株課金システムを着実に運用するとともに、利用者に利便性のあるシステムに随時改善している。当該年度はオンラインカタログのセキュリティ向上のための各種プログラムのバージョンアップを実施した。菌株の付加価値向上のため、収集した情報は随時データベースで公開し、付随するDNA情報はDDBJにも積極的に登録した。
2020年5月の緊急事態宣言中のテレワーク期間に、IFM番号からの文献調査を行ったところ、相当数の未登録の論文が発掘されたため、今後情報追加の作業を行う予定である。
(5)運営委員会の開催、分担機関との連携
令和2年11月に運営委員会を開催し、事業の進捗状況、真菌、原虫の連携、令和2年4月に改定した分譲手数料の影響、今後の活動などを議論した。
(1)菌株の収集と保存・提供
① 収集(目標:500 株)
国内外の研究機関、医療機関などとの連携により、新たに真菌 788株、放線菌 98 株、計 886 株を収集した。需要の多い5年以内に臨床検体から分離された菌株(新鮮な臨床株)を中心に研究機関からの寄託により収集を実施した。中でも、これまで使用実績の多いAspergillusの薬剤耐性株の収集を継続し、近年問題となっている薬剤耐性のある白癬菌の収集に注力した。また、注目される論文使用株(Cryptococcusの耐性菌、新種の白癬菌、白癬菌において薬剤耐性に関する遺伝子を欠損させた組換え体など)の寄託を受け、レファレンス株の充実に努めた。以上の方法で目標とする 500 株の収集に達した。
② 保存(目標:25,978株)
保存累計数は、真菌 22,798 株、放線菌 2,987 株、計 25,785 株だった。保存に当たっては、形態、遺伝子情報による正確な同定を実施し、遺伝子情報、臨床情報などを付加して高品質化を図った。遺伝子情報のない保存株の品質管理を進めて、形態での同定と遺伝子配列が一致しない株など相当数の廃棄株が発生したため、収集数が100%超えながら保存総数では100%未満となった。
③ 提供(目標:50件(名)、500 株)
提供数は真菌 43件(198株)、放線菌 5 件(6 株)計 48件(204株)であった。提供件数はほぼ目標通りであったが、提供菌株数は目標値500株に対し204株(41%)と大きく減少した。減少の要因はコロナ禍の影響のため、1) 民間企業、特に1件10株以上の利用が皆無となったこと、2) 病原真菌講習会の中止により教育株の提供がなかったこと(令和元年度は184株提供)、3) 国際輸送が困難になり(停止し)海外の利用が減少したこと、などが考えられる。
(2)保存株の管理、品質向上に関する業務
白癬菌の保存株の再検査に注力していたが、概ね終了した。令和2年度後半からAspergillus属の遺伝子解読の追加検査(β-tubulin、calmodulin、RPB2等)に移行している。令和2年度に導入したMALDI-TOF MSによる真菌の迅速識別用ライブラリー構築を通し、白癬菌(Trichophyton)と酵母(Malassezia、Candida等)の品質管理の効率化の検討を開始した。
(3)広報活動
令和2年11月に日本分子生物学会、令和3年3月に日本細菌学会での展示などを通じて、リソース保存業務の広報活動を実施した。しかし、例年の対面展示より来訪者数は減少した。病原真菌講習会は開催できなかったが、学会及び論文発表のサポートなど通じて、ユーザーの教育にも貢献した。また、リソースの特徴、新規に保存した注目菌株の紹介をニュースレターとして年2回の配信を実施した。
(4)Web情報更新、データベース改善
分譲株課金システムを着実に運用するとともに、利用者に利便性のあるシステムに随時改善している。当該年度はオンラインカタログのセキュリティ向上のための各種プログラムのバージョンアップを実施した。菌株の付加価値向上のため、収集した情報は随時データベースで公開し、付随するDNA情報はDDBJにも積極的に登録した。
2020年5月の緊急事態宣言中のテレワーク期間に、IFM番号からの文献調査を行ったところ、相当数の未登録の論文が発掘されたため、今後情報追加の作業を行う予定である。
(5)運営委員会の開催、分担機関との連携
令和2年11月に運営委員会を開催し、事業の進捗状況、真菌、原虫の連携、令和2年4月に改定した分譲手数料の影響、今後の活動などを議論した。
学会誌・雑誌等における論文一覧
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1. Tanaka H, Kiko K, Watanabe Y, Yaguchi T, Oya S, Shiojiri T. Miliary cerebrospinal lesions caused by Nocardia beijingensis in an immunocompetent patient. IDCases. 2020, 20, e00737, doi: 10.1016/j.idcr.2020.e00737
2. Furudate A, Hirose S, Abe K, Kawashima A, Hashimoto K, Yamazaki S, Kamei K, Ishiwada N, Hamada H, Sato M. Infantile Aspergillus fumigatus ventriculitis successfully treated with monitoring of plasma and cerebrospinal fluid voriconazole concentration level. J Infect Chemother. 2020, 26(1), 132-135, doi: 10.1016/j.ji ac.2019.06.011
3. Harada S, Ohkushi D, Nakano K, Mitani H, Yamamoto Y, Kamei K, Hayama B. Fatal invasive pulmonary aspergillosis caused by voriconazole-resistant Aspergillus tubingensis in a patient with solid tumor. J Infect Chemother. 2020, 26(3), 301-304, doi: 10.1016/j.jiac.2019.10.022
4. Takatsuka H, Yamazaki S, Watanabe A, Yokoyama I, Suzuki T, Kamei K, Ishii I. Successful treatment of Aspergillus empyema using combined intrathoracic and intravenous administration of voriconazole: A case report. J Infect Chemother. 2020, 26 (8), 847-850, doi: 10.1016/j.jiac.2020.03.013
5. Tamura T, Saito S, Hamada M, Kang Y, Hoshino Y, Gonoi T, Mikami Y, Yaguchi T. Gordonia crocea sp. nov. and Gordonia spumicola sp. nov. isolated from sludge of a wastewater treatment plant. Int J Syst Evol Microbiol. 2020, 70(6), 3718-3723, doi: 10.1099/ijsem.0.004225
6. Noguchi H, Matsumoto T, Kimura U, Hiruma M, Kano R, Yaguchi T, Fukushima S, Ihn H. Ungual hyalohyphomycosis caused by Fusarium proliferatum successfully treated with fosravuconazole. J Dermatol. 2020, 47(7), e251-e253, doi: 10.1111/1346-8138.15358
7. Takeshima R, Asahina Y, Yaguchii T, Sato T. Tinea barbae due to Trichophyton rubrum successfully treated using oral fosravuconazole l-lysine ethanolate. J Dermatol. 2020, 47(7), e254-e255, doi: 10.1111/1346-8138.15374
8. Iwahashi C, Eguchi H, Hotta F, Uezumi M, Sawa M, Kimura M, Yaguchi T, Kusaka S. Orbital abscess caused by Exophiala dermatitidis following posterior subtenon injection of triamcinolone acetonide: a case report and a review of literature related to Exophiala eye infections. BMC Infect Dis. 2020, 20(1), 566, doi: 10.1186/s12879-020-05294-y
9. Fujishita K, Oka S, Kamei K, Tani K, Fujisawa Y, Kitamura W, Machida T, Imai T. A disseminated Fusarium fujikuroi species complex infection prior to allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. Acta Med Okayama. 2020, 74 (5), 435-441, doi: 10.18926/AMO/60805
10. Toyotome T, Arai T, Watanabe A, Kamei K. Detection of substitutions at 98th, 121st, and 289th amino acid residues in cyp51A using cycling probes. Med Mycol J. 2020, 61 (1), 4-7, doi: 10.3314/mmj.19-00014
学会・シンポジウム等における口頭・ポスター
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1. 千葉大学真菌医学研究センター保存の Trichophyton rubrum および T. interdigitale 臨床株のテルビナフィン耐性について.坂井翔希,矢口貴志,伴さやか,日本菌学会第64回大会 2020/6/19-20,国内,ポスター
国内 / ポスター
2. Aspergillus 属真菌の効率的な成分探索方法の開発を目指したメタボロミクス解析の応用.石川和樹,矢口貴志,市瀬浩志,日本菌学会第64回大会 2020/6/19-20,国内,ポスター
国内 / ポスター
3. 千葉大真菌センターで保存している Exophiala 属菌株の再同定.アリム・イケラム,伴 さやか,矢口貴志,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター
4. 千葉大学真菌医学研究センター保存の Trichophyton rubrum 臨床株の テルビナフィン耐性について.坂井翔希,矢口貴志,伴さやか,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター
5. ステロイド外用のため渦状癬様の巨大な年輪状紅斑を呈した Trichophyton tonsurans による体部白癬の 1 例.鈴木友博,堀川弘登,矢口貴志,佐藤友隆,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター
6. Trichosporon cacaoliposimilis による爪真菌症.野口博光,松本忠彦,木村有太子,比留間政太郎,加納塁,矢口貴志,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター
7. ヒト爪甲感染実験:Trichophyton interdigitale の dermatophytoma.佐藤友隆,鈴木友博,青山和弘,朝比奈泰彦,粕谷明子,矢口貴志,山崎一人,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター
8. Aspergillus fumigatus の Subgroup C chitinase と LysM-domain protein の遺伝子発現解析.村長保憲,亀井 克彦,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター
9. Aspergillus fumigatus 感性株における cyp51A 遺伝子多型の地域差に関する検討.馬嶋秀考,新居鉄平,渡辺哲,宮崎泰成,亀井克彦,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター
10. Aspergillus fumigatus で見つかった Cyp51A と Hmg1 の変異によるマルチアゾール耐性株.新居鉄平,梅山隆,犬飼達也,渡辺哲,宮﨑義継,亀井 克彦,日本医真菌学会総会・学術集会,2020/10/9-10,国内,ポスター
国内 / ポスター