ヒトiPS細胞株の性質はばらつくことから、このばらつきのメカニズムに関する基礎的な成果を得ることが必要とされている。一般に、細胞の性質は、代表的な分子経路を制御する重要な遺伝子により大きく制御される。最近の報告から、それら重要な遺伝子の発現は、他の多数の遺伝子により制御されるとみられている。また、発現を変化させる遺伝的多型がほぼ全ての遺伝子においてみつかる。そこで本研究では、作業仮説として、ヒトiPS細胞株のゲノムの差異が、多数の遺伝子の発現変化につながり、このことが重要な遺伝子の発現や分子経路の活性に変化を引き起こすことで、性質の差をもたらすと考える。これに基づき、iPS細胞株間における分子経路の活性の差異を解析する手法の開発を検討した。実験に用いるiPS細胞株としては、ゲノムの差異が性質の差異につながることから、日本人のゲノムをもつものが望ましい。そこで、日本人由来のiPS細胞株を新規に樹立した。日本人健常者3名から末梢血単核球由来細胞を採取し、センダイウイルスベクターを用いて初期化因子を導入した。それぞれのドナーから、未分化な形態を呈する細胞株を得た。多能性の確認として、胚様体を形成し、免疫染色を行ったところ、期待通り三胚葉のマーカーの発現が検出された。続いて、代表的な分子経路の活性を解析する手法を開発するため、レポーター遺伝子を作製した。WNTシグナルは多能性幹細胞の維持のみならず、発生過程や恒常性維持に重要な役割を果たす。そこでWNTシグナルの作用点である転写因子TCFの結合領域に、緑色蛍光タンパク質遺伝子を連結した。これをマウスES細胞に導入し、WNT活性化薬剤を添加したところ蛍光を確認できた。このWNTレポーター遺伝子は、研究開発分担者・大日向が開発したマウス由来Primitive Endoderm Stem（PrES）細胞からの初期胚に近い複雑なシグナルに対しても機能することが示された。このようなレポーター遺伝子を用いて代表的な分子経路の活性を解析することで、ヒト多能性幹細胞の株間差を制御する手法の開発につながると期待される。