課題全体としての研究成果実験動物の定期的な微生物モニタリングは動物実験の質の向上と維持に必須である。しかし日和見感染や寄生虫汚染は健康動物で影響が出にくいうえ、培養や形態による検査は熟練を要し、ゲノム情報整備が不十分でPCR検査できないのも実情である。本課題では、実験動物マウスの監視対象微生物のうち、日和見感染性細菌や寄生性原虫に対象を絞り、遺伝研・豊田 敦特任教授(補助事業分担者)と共同で、それらの遺伝子配列情報を整備した。これによりPCR検査を設計し、理研BRCのマウス汚染コレクションを用いて至適条件を検討後、各微生物を対象とするPCR検査手法を確立した。またNBRPラット事業(京都大学)の協力のもと、ラットと共通の病原体として知られる寄生性原虫PCR検査をラット検体で試行した。本課題で得られた成果は以下になる。塩基配列はDDBJ登録作業後、公開される予定である。1. マウス日和見感染性細菌6菌種(うち5菌種は基準株)の完全長ゲノム塩基配列決定＜代表者と分担者＞．5菌種(Corynebacterium bovis, Helicobacter japonicus, H. rodentium, Rodentibacter heylii , R. pneumotropicus)の各基準株と1分離株(R. ratti)の完全長ゲノム塩基配列を決定し、遺伝子のゲノム上コピー数やコピー遺伝子間の変異等の情報はPCR設計の大本となった。2. マウス日和見感染性細菌7菌種合計15分離株のリシーケンス＜代表者と分担者＞．分離株遺伝子塩基配列を上記基準ゲノムと比較し、株間変異の小さな遺伝子をPCR標的に選択した。3. マウス寄生性原虫3種の網羅的発現遺伝子解析＜代表者と分担者＞．寄生性原虫3種(アメーバ, トリコモナス, オクトミタス)の網羅的発現遺伝子シークエンスを実施し、配列データから原虫特異的な遺伝子を選び原虫検査用PCR対象を決定した。4. マウス検体によるPCR検査の確立とラット検体を用いたPCR検査実施確認＜代表者＞．15年以上におよぶ理研BRCのマウス汚染検体コレクションを用いて設計したPCRを実際に行って確かめた後、ラット検体では寄生性原虫のPCR検査を実施確認した。補助事業代表者の研究成果補助事業代表者は、前年度に続き、マウス日和見感染性細菌2菌種3分離株のリシーケンス用のゲノムDNA調整とマウス寄生性原虫3種の網羅的発現遺伝子解析用RNA調整を進め、遺伝研(補助事業分担者)に送付した。遺伝研でゲノム等の塩基配列情報解析が行われた後、理研にてPCR標的遺伝子探査、プライマー設計を行なった。理研BRCの汚染検体コレクション(マウス)とNBRPラット(京都大学)の汚染検体を用い、PCR検査を実施確認した。補助事業代表者独自の成果は、課題全体の研究成果のほか、以下になる。1. 日和見感染性細菌の液体培養条件開発．2. マウスの寄生性原虫の分離条件およびRNA調整法の開発．3. 日和見感染性細菌各菌のゲノムとしての特徴解析．