ゲノム情報と薬剤感受性予測に基づく、小児血液腫瘍における最適医療の実現に向けた研究
研究課題情報
- 課題管理番号
- 19ck0106253h0003
- 9つの連携分野プロジェクト
ジャパン・キャンサーリサーチ・プロジェクト
- 事業名
革新的がん医療実用化研究事業
- タグ(2019)
研究の性格: 医薬品・医療機器等の開発を目指す研究<医療機器開発につながるシステム開発を含む>
開発フェーズ: 基礎的
承認上の分類: 体外診断薬
対象疾患: 新生物
- タグ(2018)
研究の性格: 医療技術・標準治療法の確立等につながる研究<診療の質を高めるためのエビデンス構築<診療ガイドライン作成等>を含む>
開発フェーズ: 基礎的
承認上の分類: 体外診断薬
対象疾患: 新生物
- タグ(2017)
研究の性格: 医薬品・医療機器等の開発を目指す研究<医療機器開発につながるシステム開発を含む>
開発フェーズ: 基礎的
承認上の分類: 体外診断薬
対象疾患: 新生物
- 代表研究機関
- 独立行政法人国立病院機構名古屋医療センター
- 研究代表者
(2019) 真田昌, 独立行政法人国立病院機構名古屋医療センター, 臨床研究センター・高度診断研究部長
(2018) 真田昌, 独立行政法人国立病院機構名古屋医療センター, 臨床研究センター・高度診断研究部長
(2017) 真田昌, 独立行政法人国立病院機構名古屋医療センター, 臨床研究センター・高度診断研究部長
- 研究期間
- 2017年度 - 2019年度
- 課題への総配分額
- 85,580 千円
- 研究概要(2019)
- 小児ALLの治療成績は改善したが、再発例においては標準的な治療による治癒が難しいことが多く、難治例の早期捕捉技術の確立と新規治療開発が求められる。早期再発ならびに晩期再発例を対象に、標的遺伝子シーケンならびに融合遺伝子解析を行い、治療標的分子を明らかとするとともに、先に行った初発例の解析で明らかとしたバイオマーカーによる再発・難治例の早期捕捉についても検討を行う。さらには、初発例におけるバイオマーカーの前向き評価ならびに実用化に向け、解析手法の実施可能性についても検証を開始する。
- 研究概要(2018)
- 早期再発ならびに晩期再発例を対象に、標的遺伝子シーケンならびに融合遺伝子解析を行い、治療標的分子を明らかとするとともに、先に行った初発例の解析で明らかとしたバイオマーカーによる再発・難治例の早期捕捉についても検討を行う。
- 研究概要(2017)
- ALL-B12登録症例から早期再発例を対象にRNAシーケンスを行い、次期B-ALL試験に向け、チロシンキナーゼ関連融合遺伝子検出系の構築を目指す。さらには晩期再発例(R08研究)コホートならびにALL細胞株バンクの標的遺伝子シーケンスを実施し、再発関連マーカーならびに治療標的マーカーの検討を行う。
研究成果情報
2019
2018
2017
成果の概要
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500例の初発小児B-ALL患者の保存検体を用いて、標的遺伝子およびRNAシーケンスを行い、先行研究で得られたバイオマーカーの検証ならびに計1003例の統合解析を実施した。両コホートに共通した予後不良因子として、TP53変異・欠失、IKZF1欠失が抽出された。TP53変異の予後への影響は高リスク群において顕著であり、米国のコホート(n=460)においても再現された。初発時のTP53体細胞変異の小児ALLの予後における影響は、これまで報告はなく、治療層別化に有用なバイオマーカー候補と考えられた。晩期再発ALLの66症例について標的シークエンスを実施し、得られた解析結果を臨床情報と統合し、予後に関わる遺伝子異常の抽出ならびに初発ALLのゲノム異常との比較を行った。これまで臨床試験の中央診断に用いられてきたMLPA法とNGSによるコピー数解析の比較を行った。LCHの患者検体32例について通常の直接塩基配列法とddPCRによる検出法を比較し、ddPCR法がより鋭敏な検出法であることを確認した。また、NUDT15ホモ多型例のメルカプトプリン耐用量を国際共同研究で収集し、ホモ多型37例の耐用量は5.2mg/m2と標準量の約10分の1であることが確認され、ゲノム情報に基づく用量調整の指標となることが明らかになった。MEF2D融合遺伝子を有するB-ALL細胞株における薬剤感受性プロファイリングの解析を進めたとともに、ステロイド感受性のGWASで同定したSNPの臨床的意義を検証した。また、B-ALL株においてCRISPR-Cas9を使った相同組み替えに成功した。SPI1融合遺伝子陽性T-ALLの再発検体をPDXマウスに移植し、PDX細胞を樹立した。初発、再発、PDX細胞の特性をエクソーム解析、RNA seqで解析したところ、KRAS変異クローンが再発時に増幅しており、治療抵抗性に寄与していると考えられた。小児AML検体24例を用いたmicroRNA-sequencing、10例を用いたATAC-seqと、既存のAML約400例の遺伝子変異データ、発現データと合わせ、新規の予後不良因子を同定した。PTCLの全エクソン解析で見出された55遺伝子について、PTCL16症例の標的シーケンスを行い、病理所見、臨床情報と統合解析し、新規診断法や予後因子の検討を行った。
学会誌・雑誌等における論文一覧
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1. Kanamori T, Sanada M, Ri M, Ueno H, Nishijima D, Yasuda T, Tachita T, Narita T, Kusumoto S, Inagaki A, Ishihara R, Murakami Y, Kobayashi N, Shiozawa Y, Yoshida K, Nakagawa MM, Nannya Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Miyano S, Horibe K, Handa H, Ogawa S, Iida S. Genomic analysis of multiple myeloma using targeted capture sequencing in the Japanese cohort. Br J Haematol. 2020 May 9. doi: 10.1111/bjh.16720. Online ahead of print. PMID: 32386081
2. Ochi Y, Kon A, Sakata T, Nakagawa MM, Nakazawa N, Kakuta M, Kataoka K, Koseki H, Nakayama M, Morishita D, Tsuruyama T, Saiki R, Yoda A, Okuda R, Yoshizato T, Yoshida K, Shiozawa Y, Nannya Y, Kotani S, Kogure Y, Kakiuchi N, Nishimura T, Makishima H, Malcovati L, Yokoyama A, Takeuchi K, Sugihara E, Sato TA, Sanada M, Takaori-Kondo A, Cazzola M, Kengaku M, Miyano S, Shirahige K, Suzuki HI, Ogawa S. Combined Cohesin-Runx1 Deficiency Synergistically Perturbs Chromatin Looping and Causes Myelodysplastic Syndromes. Cancer Discov. 2020 Apr 5:CD-19-0982. doi: 10.1158/2159-8290.CD-19-0982. Online ahead of print. PMID: 32249213
3. Kimura S, Seki M, Kawai T, Goto H, Yoshida K, Isobe T, Sekiguchi M, Watanabe K, Kubota Y, Nannya Y, Ueno H, Shiozawa Y, Suzuki H, Shiraishi Y, Ohki K, Kato M, Koh K, Kobayashi R, Deguchi T, Hashii Y, Imamura T, Sato A, Kiyokawa N, Manabe A, Sanada M, Mansour MR, Ohara A, Horibe K, Kobayashi M, Oka A, Hayashi Y, Miyano S, Hata K, Ogawa S, Takita J. DNA methylation-based classification reveals difference between pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia and normal thymocytes. Leukemia. 2019 Nov 15. doi: 10.1038/s41375-019-0626-2.
4. Shiba N, Yoshida K, Hara Y, Yamato G, Shiraishi Y, Matsuo H, Okuno Y, Chiba K, Tanaka H, Kaburagi T, Takeuchi M, Ohki K, Sanada M, Okubo J, Tomizawa D, Taki T, Shimada A, Sotomatsu M, Horibe K, Taga T, Adachi S, Tawa A, Miyano S, Ogawa S, Hayashi Y. Transcriptome analysis offers a comprehensive illustration of the genetic background of pediatric acute myeloid leukemia. Blood Adv. 2019 Oct 22;3(20):3157-3169. doi: 10.1182/bloodadvances.2019000404.
5. Sanada M. Precision medicine for acute myeloid leukemia based on genomic profiling. Rinsho Ketsueki. 2019;60(7):847-853. doi: 10.11406/rinketsu.60.847.
6. Watatani Y, Sato Y, Miyoshi H, Sakamoto K, Nishida K, Gion Y, Nagata Y, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Zhao L, Ochi Y, Takeuchi Y, Takeda J, Ueno H, Kogure Y, Shiozawa Y, Kakiuchi N, Yoshizato T, Nakagawa MM, Nanya Y, Yoshida K, Makishima H, Sanada M, Sakata-Yanagimoto M, Chiba S, Matsuoka R, Noguchi M, Hiramoto N, Ishikawa T, Kitagawa J, Nakamura N, Tsurumi H, Miyazaki T, Kito Y, Miyano S, Shimoda K, Takeuchi K, Ohshima K, Yoshino T, Ogawa S, Kataoka K. Molecular heterogeneity in peripheral T-cell lymphoma, not otherwise specified revealed by comprehensive genetic profiling. Leukemia. 2019 Dec;33(12):2867-2883. doi: 10.1038/s41375-019-0473-1.
7. Sakamoto K, Shiba N, Deguchi T, Kiyokawa N, Hashii Y, Moriya-Saito A, Tomizawa D, Taga T, Adachi S, Horibe K, Imamura T. Negative CD19 expression is associated with inferior relapse-free survival in children with RUNX1-RUNX1T1-positive acute myeloid leukaemia: results from the Japanese Paediatric Leukaemia/Lymphoma Study Group AML-05 study. Br J Haematol. 2019 Jun 27. doi: 10.1111/bjh.16080.
8. Mayumi A, Imamura T, Sakamoto K, Ota T, Osone S, Usami I, Hosoi H. Successful treatment with 2-chlorodeoxyadenosine of refractory pediatric Langerhans cell histiocytosis with initial involvement of the gastrointestinal tract. Int J Hematol. 2019 Jul 26. doi: 10.1007/s12185-019-02711-0.
9. Ishimaru S, Okamoto Y, Imai C, Sakaguchi H, Taki T, Hasegawa D, Cho Y, Kakuda H, Sano H, Manabe A, Imamura T, Kato M, Arakawa Y, Shimonodan H, Sato A, Suenobu S, Inukai T, Watanabe A, Kawano Y, Kikuta A, Horibe K, Ohara A, Koh K. Nationwide Survey of Pediatric Hypodiploid Acute Lymphoblastic Leukemia in Japan. Pediatr Int. 2019 Sep 13. doi: 10.1111/ped.14006
10. Ishihara T, Nogami K, Ochi S, Ishida T, Kosaka Y, Sawada A, Inoue M, Osone S, Imamura T, Hosoi H, Shima M. Disordered hemostasis associated with severely depressed fibrinolysis demonstrated using a simultaneous thrombin and plasmin generation assay during L-asparaginase induction therapy in pediatric acute lymphoblastic leukemia. Pediatr Blood Cancer. 2019 Sep 25:e28016
学会・シンポジウム等における口頭・ポスター
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1. Target Capture Sequencing Method for Screening MRD Markers in Infant Leukemia, Masashi Sanada, Tomomi Yamada, Dai Nishijima, Yuka Iijima-Yamashita, Toshinori Hori, Keizo Horibe. ESH (1st International Conference-Acute Lymphoblastic Leukaemia), May17-19,2019, 国外,ポスター.
国外 / ポスター
2. Novel Molecular pathogenesis and therapeutic target in acute erythroid leukemia. June Takeda, Lee-Yung Shih, Kenichi Yoshida, Hideki Makishima, Tetsuichi Yoshizato, Yusuke Shiozawa, Yotaro Ochi, Ayana Kon, Akinori Yoda, Masahiro Nakagawa, Yasuhito Nannya, Kesuke Kataoka, Masahi Sanada, Kenich Chiba, Yuichi Shiraishi, Satoru Miyano, Nobuhiro Hiramoto, Shigeru Chiba, Yasushi Miyazaki, Akifumi Takaori-Kondo , Takayuki Ishikawa, Cassandra Kerr, Jaroslaw Maciejewski, Arnold Ganser, Michael Heuser, Felicitas Thol, Seishi Ogawa, EHA24 (24th Congress of the European Hematology Association), June 13 - 16, 2019, 国外,ポスター.
国外 / ポスター
3. Comprehensive genetic analysis of multiple myeloma in Japan. Takashi Kanamori, Masashi Sanada, Masaki Ri, Hiroo Ueno, Dai Nishijima, Takahiko Yasuda, Sho Aoki, Arisa Asano, Takuto Tachita, Shiori Kinoshita, Tomoko Narita, Asahi Ito, Shigeru Kusumoto, Yuta Masuda, Nobuhiko Kobayashi, Yusuke Shiozawa, Masahiro Nakagawa, Yasuhito Nannya, Yuichi Shiraishi, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Hirokazu Komatsu, Satoru Miyano, Hiroshi Handa, Seishi Ogawa, Shinsuke Iida. EHA24 (24th Congress of the European Hematology Association), June 13 - 16, 2019, 国外,ポスター.
国外 / ポスター
4. Biological Characterization of the U2AF1 S34F Mutation in the pathogenesis of myelodysplasia, Ayana Kon, Yasuhito Nanya, Keisuke Kataoka, Manabu Nakayama, Haruhiko Koseki, Masashi Sanada, Hideki Makishima, Masahiro Marshall Nakagawa, Seishi Ogawa. EHA24 (24th Congress of the European Hematology Association), June 13 - 16, 2019. , 国外,口頭.
国外 / 口頭
5. Integrated profiling of DNA methylation and mutations in patients with myelodysplastic syndromes, Suguru Morimoto, Hideki Makishima, Yasunobu Nagata, Constance Baer, Niroshan Nadarajah, Genta Nagae, Yasuhito Nannya, Yasushi Miyazaki, Kenichi Yoshida, Tetsuichi Yoshizato, Masahiro Nakagawa, Ryosaku Inagaki, June Takeda, Yoichi Fujii, Yasuhide Takeuchi, Hiroo Ueno, Yuichi Sharaishi, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Masashi Sanada, Satoru Miyano, Claudia Haferlach, Wolfgang Kerm, Hiroyuki Aburatani, Torsten Haferlach, Seishi Ogawa. EHA24 (24th Congress of the European Hematology Association), , June 13 - 16, 2019, 国外,ポスター.
国外 / ポスター
6. NGS-Based copy-number analysis in more than 2,000 patients with myeloid neoplasms, Ryunosuke Saiki, Yusuke Shiozawa, Tetsuichi Yoshizato, Yasuhito Nanya, Junne Takeda, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraishi, Hiroko Tanaka, Kenichi Chiba, Yoshiko Atsuta, Makoto Onizuka, Hidehiro Itonaga, Masashi Sanada, Yoshinobu Kanda, Bartlomiej Przychodzen, Mikkael A. Sekeres, Kathryn M. Guinta, Yogen Sauntharajah, Lee-Yung Shih, Shuichi Miyawaki, Tsuyoshi Nakamaki, Masataka Taguchi, Shigeo Fuji, Nana Sasaki, Nobuyuki Uoshima, Yasunori Ueda, Yasushi Miyazaki, Kensuke Usuki, Kazunori Imada, Akihumi Takaori-Kondo, Shigeru Chiba, Senji Kasahara, Toru Kiguchi, Hisashi Tsurumi, Luca Malcovati, Mario Cazzola, Takayuki Ishikawa, Satoru Miyano, Jaroslaw P. Maciejewski, Hideki Makishima, Seishi Ogawa. EHA24 (24th Congress of the European Hematology Association), June 13 - 16, 2019, 国外,口頭.
国外 / 口頭
7. Multicentre standardization of minimal residual disease detection and quantitation using the euroclonality-NGS assay, Michael Svaton, Eva Fronkova, Tomas Reigl, Aurelie Caye, Maaike de Bie, Elisa Genuardi, Hana Jelinkova, Evelyn Huizi Lim, Dai Nishijima, Karol Pal, Domenico Salemi, Maria Eugenia Sarasquete, Simona Songia, Manuela Tosi, Patrick Villarese, Stephanie Wakeman, Helene Cave, Gianni Cazzaniga, Simone Frrero, Ramon Garcia Sanz, Jeremy Hancock, Elizabeth Macintyre, Karla Plevova, Masashi Sanada, Alessandra Santoro, Orietta Spinelli, Vincent H.J. van der Velden, Allen Eng Juh Yeoh, Anton W. Langerak, Nikos Darzentas, Monika Bruggemann, Jan Trka. EHA24 (24th Congress of the European Hematology Association), June 13 - 16, 2019, 国外,ポスター.
国外 / ポスター
8. Clinical Impact of Genetic Information in Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia,Masashi Sanada, Joint Japan-Lithuania Workshop, September 23-24, 2019, 国外,口頭.
国外 / 口頭
9. 小児白血病のクリニカルシーケンスの展望、眞田 昌、第78回日本癌学会学術総会、2019.9.26-2, 国内,口頭
国内 / 口頭
10. Combined Stag2/Runx1 loss causes myelodysplastic syndrome through perturbed enhancer interactions. Yotaro Ochi, Ayana Kon, Masahiro Nakagawa, Keisuke Kataoka, Haruhiko Koseki , Ryunosuke Saiki1 , Tetsuichi Yoshizato1 , Kenichi Yoshida1 , Akinori Yoda1 , Hiroshi Suzuki4 , Tatsuaki Tsuruyama, Hideki Makishima, Yusuke Shiozawa, Yasuhito Nannya, Eiji Sugihara, Takaaki Sato, Masashi Sanada , Akifumi Takaori-Kondo, Satoru Miyano8, Seishi Ogawa、第78回日本癌学会学術総会、2019.9.26-28, 国内,口頭.
国内 / 口頭
「国民との科学・技術対話社会」に対する取り組み
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1. 小児白血病-治療成績向上の要因と子ども達を支える体制づくり, 犬飼岳史, 山梨県小児保健協会 母子保健研修会, 2019/6/8, 国内.
国内
2. 小児がんとたたかう, 犬飼岳史, 山梨大学公開講座, 2019/8/2, 国内.
国内
3. 小児がんとたたかう, 犬飼岳史, 山梨県立甲府南高校SSH特別授業, 2019/8/22, 国内.
国内
4. 小児がん治療の現状と未来-「ゲノム医療」の視点から, 犬飼岳史, 第63回山梨大学医師会講座, 2019/8/31, 国内.
国内