Ⅱ.　成果の概要※今年度の研究実績および成果に関して、500～1000字、文字の大きさ10～12ポイント程度で作成ください。　本研究は、MSI大腸がん、肝臓がん、食道扁平上皮がんに焦点をしぼり、網羅的ゲノム解析データから、がんの免疫制御関連遺伝子を中心とした網羅的な変異/発現プロファイル、変異およびHLA情報からのneo-antigen（NAG）プロファイル、HLA型とそれらの体細胞変異、免疫細胞分画を含む統合的な免疫ゲノムプロファイルを個々の症例について作成し、がんの免疫環境とゲノム異常の相互作用の理解と免疫療法などの治療の効果予測に使えるバイオマーカー候補、そして新規の免疫療法ターゲット分子の同定を試みる。260例の肝臓がんおよびその非がん部肝臓組織のRNA-seqより免疫シグニチャー解析を行い、がん部と非がん部の炎症が、有意に患者予後と相関することが判明した。T-cell inflamed signatureが高い群と非inflamed群に群別化すると、inflamed群は予後良好であった。非inflamed群肝がんでは肝がん内の複数の代謝経路が活性化していることを見出した。31例のMSI大腸がん、12例のMSS大腸がん、およびcolitic cancer 22例について、エクソームおよびRNA-seq解析をおこなった。エクソーム解析より体細胞変異とHLAのtypingを行い、NAG候補（IC50<50）の同定を行った。MSSとcolitic cancerでは、1腫瘍あたり平均31個、28個のNAGペプチド候補が同定されたが、MSIでは平均371個同定され、MSI腫瘍ではNAG数と炎症は強い正の相関があった（相関係数0.37, p<0.05）。51例の術前化学療法前の生検凍結標本を採取し、それらよりDNA/RNAを抽出して、DNAについてはlow-depth WGSを、高品質の28例のRNAについてRNA-seqを行った。RNA-seqのデータより免疫signature解析を行い、化学療法の奏効率と炎症の程度とが関連することが明らかになった。