AMED研究開発課題データベース 日本医療研究開発機構（AMED）の助成により行われた研究開発の課題や研究者を収録したデータベースです。

• 2021
• 2020

【成果報告書】

成果の概要

・北大人獣共通感染症国際共同研究所は、ザンビア大のチームを主体とするSARS-CoV-2ゲノム解析コンソーシアムに解析機器と試薬の提供、ゲノム解析のサポートを実施し、SARS-CoV-2株の解析に大きく貢献した。本コンソーシアムは、国際データベースであるGISAIDに1,148検体から検出したSARS-CoV-2ゲノム配列を登録した。
・従来のゲノム解析法の欠点の改善のために、改良型PCR tiling法、ビオチン化プラマーを用いた過剰増幅産物の除去法を開発した。さらに、COVID-19と類似した症状を示すインフルエンザとの鑑別診断法として、原因病原体のゲノムを同時に増幅し、核酸クロマトグラフィー上で目視により陽性判定可能なマルチプレックスLAMP-核酸クロマト反応系を開発した。
・ザンビアで捕獲した409頭のコウモリを対象としてコロナウイルスゲノムをスクリーニングし、4検体からゲノムを検出した。NGS解析により1検体から約29 kbのベータコロナウイルス属ノベコウイルス亜属に属するウイルスのゲノムを検出した。また3検体から、ベータコロナウイルス属ヒベコウイルス亜属のウイルス遺伝子を検出した。また、558頭のイヌから採集した血清を用いてELISA法を実施し、31頭のイヌ検体にSARS-CoV-2特異抗体を検出した。本結果からザンビアでヒト-イヌ間のSARS-CoV-2伝播が成立していることが示唆された。
・長崎大学熱帯医学研究所はSARS-CoV-2遺伝子の迅速検出法を開発し、2020年3月に厚生労働省からCOVID-19診断の公定法として認められ、保険適用の検査法と認定された。ガボンのランバレネ医療研究センター（CERMEL）と共同して本法の評価を実施し、ガボンの検体において微量のSARS-CoV-2遺伝子を検出することを確認した。また、北大と共同でザンビア大学に本法を導入し、本法がザンビアの患者検体を用いた場合でも高い感度と高い精度を示すことを確認した。
・CERMELで保管されている陽性検体を解析し、SARS-CoV-2株が3つの異なる系統に分類され、ガボンでは国境閉鎖時点で世界各国から複数回ウイルスが持ち込まれたことを明らかにした。またアフリカ大陸へアルファ変異株が侵入した早期に、ガボン国内に繰り返しアルファ変異株が侵入したことを明らかにした。
・大阪大微生物病研究所は北大との共同研究で、SARS-CoV-2を迅速に作製できる方法を開発した。また、東大医科学研究所は北大との共同研究で、SARS-CoV-2のOmicron株のSタンパク質に注目し、その病原性を細胞、動物モデルを用いた実験により詳細に解析した。　
　以上の研究結果を8報の論文として、Science、Nature、mBio等の国際学術雑誌に報告した。

学会誌・雑誌等における論文一覧

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1.Sasaki M, Toba S, Itakura Y, Chambaro HM, Kishimoto M, Tabata K, Intaruck K, Uemura K, Sanaki T, Sato A, Hall WW, Orba Y, Sawa H. SARS-CoV-2 Bearing a Mutation at the S1/S2 Cleavage Site Exhibits Attenuated Virulence and Confers Protective Immunity. mBio. 2021 Aug 31;12(4):e0141521. doi: 10.1128/mBio.01415-21

2.Uemura K, Nobori H, Sato A, Sanaki T, Toba S, Sasaki M, Murai A, Saito-Tarashima N, Minakawa N, Orba Y, Kariwa H, Hall WW, Sawa H, Matsuda A, Maenaka K. 5-Hydroxymethyltubercidin exhibits potent antiviral activity against flaviviruses and coronaviruses, including SARS-CoV-2. iScience. 2021 Oct 22;24(10):103120. doi: 10.1016/j.isci.2021.103120.

3.Torii S, Ono C, Suzuki R, Morioka Y, Anzai I, Fauzyah Y, Maeda Y, Kamitani W, Fukuhara T, Matsuura Y. Establishment of a reverse genetics system for SARS-CoV-2 using circular polymerase extension reaction. Cell Rep. 2021 Apr 20;35(3):109014. doi: 10.1016/j.celrep.2021.109014.

4.Wilkinson E, Abe H, Karray HH, Nansumba H, Elgahzaly HA, Gumbo H, Smeti I, Ayed IB, Odia I, Ben Boubaker IB, Gaaloul I, Gazy I, Mudau I, Ssewanyana I, Konstantinus I, Lekana-Douk JB, Makangara JC, Tamfum JM, Heraud JM, Shaffer JG, Giandhari J, Li J, Yasuda J, Nkengasong J, de Oliveira T et al. A year of genomic surveillance reveals how the SARS-CoV-2 pandemic unfolded in Africa. Science. 2021 Oct 22;374(6566):423-431. doi: 10.1126/science.abj4336.

5.Abe H, Ushijima Y, Bikangui R, Zoa-Assoumou S, Ondo GN, Manouana GP, More A, Skarwan E, Yali-Assy-Oyamli Y, Ndeboko B, Myrabelle Avome Houechenou R, Djoba Siawaya JF, Lell B, Adegnika AA, Yasuda J. Unrecognized introduction of SARS-CoV-2 variants of concern to Central Africa: Import and local transmission of B.1.1.7 in Gabon in the very early stage of the variant spread to the African continent. J Med Virol. 2021 Oct;93(10):6054-6058. doi: 10.1002/jmv.27164.

6.Abe H, Ushijima Y, Bikangui R, Ondo GN, Lell B, Adegnika AA, Yasuda J. Delays in the arrival of the waves of COVID-19: a comparison between Gabon and the African continent. Lancet Microbe. (in press) https://doi.org/10.1016/S2666-5247(22)00091-X

7.Suzuki R, Yamasoba D, Kimura I, Wang L, Kishimoto M, Ito J, Morioka Y, Nao N, Nasser H, Uriu K, Kosugi Y, Tsuda M, Orba Y, Sasaki M, Shimizu R, Kawabata R, Yoshimatsu K, Asakura H, Nagashima M, Sadamasu K, Yoshimura K; Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, Sawa H, Ikeda T, Irie T, Matsuno K, Tanaka S, Fukuhara T, Sato K. Attenuated fusogenicity and pathogenicity of SARS-CoV-2 Omicron variant. Nature. 2022 Mar;603(7902):700-705. doi: 10.1038/s41586-022-04462-1.

8.Yamasoba D, Kimura I, Nasser H, Morioka Y, Nao N, Ito J, Uriu K, Tsuda M, Zahradnik J, Shirakawa K, Suzuki R, Kishimoto M, Kosugi Y, Kobiyama K, Hara T, Toyoda M, Tanaka YL, Butlertanaka EP, Shimizu R, Ito H, Wang L, Oda Y, Orba Y, Sasaki M, Nagata K, Yoshimatsu K, Asakura H, Nagashima M, Sadamasu K, Yoshimura K, Kuramochi J, Seki M, Fujiki R, Kaneda A, Shimada T, Nakada TA, Sakao S, Suzuki T, Ueno T, Takaori-Kondo A, Ishii KJ, Schreiber G; Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, Sawa H, Saito A, Irie T, Tanaka S, Matsuno K, Fukuhara T, Ikeda T, Sato K. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike. Cell. 2022 May 2:S0092-8674(22)00533-5. doi: 10.1016/j.cell.2022.04.035.

学会・シンポジウム等における口頭・ポスター

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1.Collaboration activities between the School of Veterinary Medicine, University of Zambia and Hokkaido University, International Institute for Zoonosis Control, Hirofumi Sawa, Yongjin Qiu, Masahiro Kajihara, Naganori Nao, Hayato Harima, Chinatsu Nakamura, Michihito Sasaki, Yasuko Orba. Virtual Mini-Symposium, Hokkaido University & University of Zambia 8th April 2021, web meeting, 2021/4/8, 国外, 口頭

国外　/　口頭

2.SARS-CoV-2 Bearing a Mutation 1 at the S1/S2 Cleavage Site Exhibits Attenuated Virulence and Confers Protective Immunity. Hirofumi Sawa, Shinsuke Toba, Yukari Itakura, Herman M. Chambaro, Mai Kishimoto, Koshiro Tabata, Kittiya Intaruck, Kentaro Uemura, Takao Sanaki, Akihiko Sato, William W. Hall, Yasuko Orba, Michihito Sasaki, International Symposium The 9th Meeting of the Consortium for the Control of Zoonoses, web meeting, 2021/9/6-7, 国外, 口頭

国外　/　口頭

3.TMPRSS2欠損細胞におけるSARS-CoV-2増殖におけるS1/S2開裂部位の変異出現機構、澤 洋文、上村 健太朗、佐藤 彰彦、鳥羽 晋輔、佐名木 孝央、前仲 勝実、大場 靖子、佐々木 道仁、日本ウイルス学会北海道支部　第54回　夏季シンポジウム、北海道大学、 2021/7/31、国内、口頭

国内　/　口頭

4.SARS-CoV-2と宿主II型膜貫通型セリンプロテアーゼ（TTSP）の相互作用、岸本　麻衣、上村　健太朗、佐名木　孝央、佐藤　彰彦、大場　靖子、澤　洋文、佐々木　道仁、第68回日本ウイルス学会学術集会、神戸国際会議場（兵庫県）、2021/11/16-18、国内、ポスター

国内　/　ポスター

5.SARS-CoV-2の感染を促進する宿主II型膜貫通型セリンプロテアーゼの同定、岸本　麻衣、上村　健太朗、佐名木　孝央、佐藤　彰彦、大場　靖子、澤　洋文、佐々木　道仁、第44回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜（神奈川県）、2021/12/1-3、国内、ポスター

国内　/　ポスター

6.Vero細胞での増殖中に出現する新型コロナウイルス変異株の解析、佐々木　道仁, 上村　健太朗, 鳥羽　晋輔, 佐藤　彰彦, 板倉　友香里, Intaruck　Kittiya, 岸本　麻衣, 田畑　耕史郎, Chambaro Herman, 大場　靖子, 澤　洋文、第44回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜（神奈川県）、2021/12/1-3、国内、ポスター

国内　/　ポスター

「国民との科学・技術対話社会」に対する取り組み

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1.感染症時代の新教養「ウイルス」、 川口寧、実務教育出版・一般向け書籍監修、2022/3/3、国内

国内