AMED研究開発課題データベース 日本医療研究開発機構（AMED）の助成により行われた研究開発の課題や研究者を収録したデータベースです。

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【成果報告書】

成果の概要

１）がんゲノム解析手法の開発とデータ解析基盤の構築
全ゲノム解析、融合遺伝子解析、構造異常検出のためのパイプラインを構築し、ロングリードシーケンサーを用いた全ゲノム解析、全長転写産物解析パイプラインを整備した。さらにホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織や血中遊離DNA の解析において微量な変異アレルを正確に検出測定するために分子バーコードを利用した解析手法を開発した。データ解析基盤を活用し、小児肝腫瘍のマルチオーム解析によって、肝芽腫では腸管上皮の幹細胞で重要な転写因子のASCL2 の遺伝子発現が脱メチル化により亢進していることを解明した。
２）大腸がんの新規治療標的・バイオマーカー同定
MSI 大腸がんのHLA 解析、TCR レパトア解析等、腫瘍免疫解析を進め、その成果を論文発表した。大腸がん治療反応性バイオマーカー同定のために、再発症例臨床検体およびステージIV（化学療法治療例）症例を収集し、全エクソン/全ゲノム解析およびHLA 変異解析を終了した。予後因子候補を同定し、さらに詳細解析を進めた。
３）肺がんの新規治療標的・バイオマーカー同定
EGFR/ALK/ROS1/RET がん遺伝子陰性の肺腺がんにおいて新規治療標的候補となるドライバー変異を同定し、変異頻度、予後予測マーカーを明らかにした。喫煙と連関しない扁平上皮がんの発がん原因と考えられる遺伝子変異を同定した。肺がん患者の血液や胸水中循環腫瘍細胞のゲノム解析・トランスクリプトーム解析に関する予備的検討を行い、希釈した細胞株の細胞回収、およびその核酸からの変異検出を行ない、解析パイプラインの構築、検査手法の一連のプロトコルを確立した。一細胞からの高精度変異同定システムaccurate single-cell mutation detector (ASMD)を構築した。
４）胃がんの新規治療標的・バイオマーカー同定
統合ゲノム解析を行った胃がん症例のメチル化解析によるクラスタリングによってAFP 産生胃がんではエンハンサー領域の脱メチル化が認められた。AFP 胃がんオルガノイド株を用いてエピゲノム解析、一細胞解析を進めた。また術後化学療法を施行した症例からの検体収集を継続し、術後再発に関するバイオマーカーの探索を進めた。
５）卵巣がんの新規治療標的・バイオマーカー同定
卵巣漿液性腺がんのエクソーム解析から変異シグネチャーをバイオマーカーとした解析パイプラインを構築し、HRD の評価を行った。PARP 阻害薬適応決定の層別化マーカーとして評価をおこなう医師主導治験研究を実施した。

学会誌・雑誌等における論文一覧

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1.Taguchi A, Rokutan H, Oda K, Tanikawa M, Tanimoto S, Sone K, Mori M, Tsuruga T, Kohsaka S, Tatsuno K, Shinozaki-Ushiku A, Miyagawa K, Mano H, Aburatani H, Ushiku T, Osuga Y. Genetic diagnosis of pseudomyxoma peritonei originating from mucinous borderline tumor inside an ovarian teratoma. BMC Med Genomics. 2022 Mar 7;15(1):51. doi: 10.1186/s12920-022-01188-x.

2.Sueyoshi K, Komura D, Katoh H, Yamamoto A, Onoyama T, Chijiwa T, Isagawa T, Tanaka M, Suemizu H, Nakamura M, Miyagi Y, Aburatani H, Ishikawa S. Multi-tumor analysis of cancer-stroma interactomes of patient-derived xenografts unveils the unique homeostatic process in renal cell carcinomas. iScience. 2021 Oct 21;24(11):103322. doi: 10.1016/j.isci.2021.103322.

3.Ogami T, Tamura Y, Toss K, Yuki K, Morikawa M, Tsutsumi S, Aburatani H, Miyazawa K, Miyazono K, Koinuma D. MAB21L4 regulates the TGF-β-induced expression of target genes in epidermal keratinocytes. J Biochem. 2022 Mar 31;171(4):399-410. doi: 10.1093/jb/mvab141.

4.Kawazu M, Ueno T, Saeki K, Sax N, Togashi Y, Kanaseki T, Chida K, Kishigami F, Sato K, Kojima S, Otsuka M, Kawazoe A, Nishinakamura H, Yuka M, Yamamoto Y, Yamashita K, Inoue S, Tanegashima T, Matsubara D, Tane K, Tanaka Y, Iinuma H, Hashiguchi Y, Hazama S, Khor SS, Tokunaga K, Tsuboi M, Niki T, Eto M, Shitara K, Torigoe T, Ishihara S, Aburatani H, Haeno H, Nishikawa H, Mano H. HLA Class I Analysis Provides Insight Into the Genetic and Epigenetic Background of Immune Evasion in Colorectal Cancer With High Microsatellite Instability. Gastroenterology. 2022 Mar;162(3):799-812. doi: 10.1053/j.gastro.2021.10.010.

5.Nagae G, Yamamoto S, Fujita M, Fujita T, Nonaka A, Umeda T, Fukuda S, Tatsuno K, Maejima K, Hayashi A, Kurihara S, Kojima M, Hishiki T, Watanabe K, Ida K, Yano M, Hiyama Y, Tanaka Y, Inoue T, Ueda H, Nakagawa H, Aburatani H, Hiyama E. Genetic and epigenetic basis of hepatoblastoma diversity. Nat Commun. 2021 Sep 20;12(1):5423. doi: 10.1038/s41467-021-25430-9.

6.Ohira T, Nakagawa S, Takeshita J, Aburatani H, Kugoh H. PITX1 inhibits the growth and proliferation of melanoma cells through regulation of SOX family genes. Sci Rep. 2021 Sep 15;11(1):18405. doi: 10.1038/s41598-021-97791-6.

7.Koyama K, Hayashi G, Ueda H, Ota S, Nagae G, Aburatani H, Okamoto A. Base-resolution analysis of 5-hydroxymethylcytidine by selective oxidation and reverse transcription arrest. Org Biomol Chem. 2021 Jul 28;19(29):6478-6486. doi: 10.1039/d1ob00995h.

8.Miyakuni K, Nishida J, Koinuma D, Nagae G, Aburatani H, Miyazono K, Ehata S. Genome-wide analysis of DNA methylation identifies the apoptosis-related gene UQCRH as a tumor suppressor in renal cancer. Mol Oncol. 2021 Jun 16. doi: 10.1002/1878-0261.13040.

9.Fujii Y, Sato Y, Suzuki H, Kakiuchi N, Yoshizato T, Lenis AT, Maekawa S, Yokoyama A, Takeuchi Y, Inoue Y, Ochi Y, Shiozawa Y, Aoki K, Yoshida K, Kataoka K, Nakagawa MM, Nannya Y, Makishima H, Miyakawa J, Kawai T, Morikawa T, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Nagae G, Sanada M, Sugihara E, Sato TA, Nakagawa T, Fukayama M, Ushiku T, Aburatani H, Miyano S, Coleman JA, Homma Y, Solit DB, Kume H, Ogawa S. Molecular classification and diagnostics of upper urinary tract urothelial carcinoma. Cancer Cell. 2021 Jun 14;39(6):793-809.e8. doi: 10.1016/j.ccell.2021.05.008.

10.Shirai K, Nagae G, Seki M, Kudo Y, Kamio A, Hayashi A, Okabe A, Ota S, Tsutsumi S, Fujita T, Yamamoto S, Nakaki R, Kanki Y, Osawa T, Midorikawa Y, Tateishi K, Ichinose M, Aburatani H. TET1 upregulation drives cancer cell growth through aberrant enhancer hydroxymethylation of HMGA2 in hepatocellular carcinoma. Cancer Sci. 2021 May 10. doi: 10.1111/cas.14897.

11.Sasame J, Ikegaya N, Kawazu M, Natsumeda M, Hayashi T, Isoda M, Satomi K, Tomiyama A, Oshima A, Honma H, Miyake Y, Takabayashi K, Nakamura T, Ueno T, Matsushita Y, Iwashita H, Kanemaru Y, Murata H, Ryo A, Terashima K, Yamanaka S, Fujii Y, Mano H, Komori T, Ichimura K, Cahill DP, Wakimoto H, Yamamoto T, Tateishi K. HSP90 inhibition overcomes resistance to molecular targeted therapy in BRAFV600E mutant high-grade glioma. Clin Cancer Res. 2022 in press, doi: 10.1158/1078-0432.CCR-21-3622.

12.Kishigami F, Tanaka Y, Yamamoto Y, Ueno T, Kojima S, Sato K, Inoue S, Sugaya S, Ishihara S, Mano H, Kawazu M. Exploration of predictive biomarkers for postoperative recurrence of stage II/III colorectal cancer using genomic sequencing. Cancer Med. 2022 in press, doi: 10.1002/cam4.4710.

13.Chida K, Kawazoe A, Suzuki T, Kawazu M, Ueno T, Takenouchi K, Nakamura Y, Kuboki Y, Kotani D, Kojima T, Bando H, Mishima S, Kuwata T, Sakamoto N, Watanabe J, Mano H, Ikeda M, Shitara K, Endo I, Nakatsura T, Yoshino T. Transcriptomic profiling of MSI-H/dMMR gastrointestinal tumors to identify determinants of responsiveness to anti-PD-1 therapy. Clin Cancer Res. 2022 in press, doi: 10.1158/1078-0432.CCR-22-0041.

14.Kumagai S, Koyama S, Itahashi K, Tanegashima T, Lin YT, Togashi Y, Kamada T, Irie T, Okumura G, Kono H, Ito D, Fujii R, Watanabe S, Sai A, Fukuoka S, Sugiyama E, Watanabe G, Owari T, Nishinakamura H, Sugiyama D, Maeda Y, Kawazoe A, Yukami H, Chida K, Ohara Y, Yoshida T, Shinno Y, Takeyasu Y, Shirasawa M, Nakama K, Aokage K, Suzuki J, Ishii G, Kuwata T, Sakamoto N, Kawazu M, Ueno T, Mori T, Yamazaki N, Tsuboi M, Yatabe Y, Kinoshita T, Doi T, Shitara K, Mano H, Nishikawa H. Lactic acid promotes PD-1 expression in regulatory T cells in highly glycolytic tumor microenvironments. Cancer Cell. 40(2):201-218.e9. 2022

15.Nagasaki J, Inozume T, Sax N, Ariyasu R, Ishikawa M, Yamashita K, Kawazu M, Ueno T, Irie T, Tanji E, Morinaga T, Honobe A, Ohnuma T, Yoshino M, Iwata T, Kawase K, Sasaki K, Hanazawa T, Kochin V, Kawamura T, Matsue H, Hino M, Mano H, Suzuki Y, Nishikawa H, Togashi Y. PD-1 blockade therapy promotes infiltration of tumor-attacking exhausted T cell clonotypes. Cell Rep. 38(5):110331. 2022

16.Kawashima S, Inozume T, Kawazu M, Ueno T, Nagasaki J, Tanji E, Honobe A, Ohnuma T, Kawamura T, Umeda Y, Nakamura Y, Kawasaki T, Kiniwa Y, Yamasaki O, Fukushima S, Ikehara Y, Mano H, Suzuki Y, Nishikawa H, Matsue H, Togashi Y. TIGIT/CD155 axis mediates resistance to immunotherapy in melanoma patients with the inflamed tumor microenvironment. J Immunother Cancer. 9(11):e003134. 2021

17.Namba S, Ueno T, Kojima S, Kobayashi K, Kawase K, Tanaka Y, Inoue S, Kishigami F, Kawashima S, Maeda N, Ogawa T, Hazama S, Togashi Y, Ando M, Shiraishi Y, Mano H, Kawazu M*. Transcript-targeted analysis reveals isoform alterations and double-hop fusions in breast cancer. Commun Biol. 4(1):1320. 2021

18.Yasuda T, Sanada M, Kawazu M, Kojima S, Tsuzuki S, Ueno H, Iwamoto E, Iijima-Yamashita Y, Yamada T, Kanamori T, Nishimura R, Kuwatsuka Y, Takada S, Tanaka M, Ota S, Dobashi N, Yamazaki E, Hirose A, Murayama T, Sumi M, Sato S, Tange N, Nakamura Y, Katsuoka Y, Sakaida E, Kawamata T, Iida H, Shiraishi Y, Nannya Y, Ogawa S, Taniwaki M, Asou N, Hatta Y, Kiyoi H, Matsumura I, Horibe K, Mano H, Naoe T, Miyazaki Y, Hayakawa F. Two novel high-risk adult B-cell acute lymphoblastic leukemia subtypes with high expression of CDX2 and IDH1/2 mutations. Blood. 139(12):1850-1862. 2022

19.Jo H, Yagishita S, Hayashi Y, Ryu S, Suzuki M, Kohsaka S, Ueno T, Matsumoto Y, Horinouchi H, Ohe Y, Watanabe SI, Motoi N, Yatabe Y, Mano H, Takahashi K, Hamada A. Comparative Study on the Efficacy and Exposure of Molecular Target Agents in Non-small Cell Lung Cancer PDX Models with Driver Genetic Alterations. Mol Cancer Ther. 21(2):359-370. 2022

20.Ikegami M, Kohsaka S, Hirose T, Ueno T, Inoue S, Kanomata N, Yamauchi H, Mori T, Sekine S, Inamoto Y, Yatabe Y, Kobayashi H, Tanaka S, Mano H. MicroSEC filters sequence errors for formalin-fixed and paraffin-embedded samples. Commun Biol. 4(1):1396. 2021

学会・シンポジウム等における口頭・ポスター

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1.Comprehensive cancer genome profiling for Precision Oncology 油谷浩幸 2021 JCA-AACR Precision Cancer Medicine International Conference 9/11/2021 国内 口頭（online）

国内　/　口頭

2.Epigenetic heterogeneity of cancer 油谷浩幸 第80 回日本癌学会総会 シンポジウム 9/30/2021 国内 口頭

国内　/　口頭

3.がん全ゲノム解析データの利活用 油谷浩幸 第80 回日本癌学会総会 特別企画 10/2/2021 国内 口頭

国内　/　口頭

4.Epigenetic heterogeneity of cancer 油谷浩幸 The 44th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan 12/3/2021 国内 口頭

国内　/　口頭

5.Genetic and Epigenetic Basis of Pediatric Liver Tumors 油谷浩幸 APASL (Asian Pacific Association for the Study of the Liver) Oncology 2021 in Tokyo 12/17/2021 国内 口頭（online）

国内　/　口頭

6.Genetic and Epigenetic Basis of Pediatric Liver Tumors 油谷浩幸 国際がん研究シンポジウム 2022 3/26/2022 国内 口頭

国内　/　口頭

7.ゲノム解析による進行大腸癌の治癒的切除後の再発リスクを評価しうるバイオマーカーの探索 -ZFP36L2 truncated mutation が再発高リスクとなりうる- 岸上史士, 野澤宏彰, 石原聡一郎, 第107 回日本消化器病学会総会 シンポジウム 2021/4/16, 国内, 口頭.

国内　/　口頭

8.ゲノム解析による大腸癌バイオマーカーの探索 ― 9 番染色体短腕のヘテロ接合性の消失が術後再発リスクとなりうる ― 岸上史士, 石原聡一郎, 野澤宏彰, 川合一茂, 田中敏明, 畑啓介, 秀野泰隆, 西川武司, 佐々木和人, 金子学, 江本成伸, 室野浩司, 石井博章, 園田洋史, 横山雄一郎, 安西紘章, 山本陽子, 河津正人, 間野博行 第121 回日本外科学会定期学術集会, 2021/4/8 国内, ポスター発表

国内　/　ポスター

9.織田 克利. HBOC および相同組換え修復欠損に関連する遺伝子検査. 第27 回日本遺伝性腫瘍学会学術集会. シンポジウム2. HBOC 関連遺伝子検査. 埼玉. 2021 年6 月19 日

不明　/　

10.Katsutoshi Oda. Mutational Landscape of Homologous Recombination Repair. Genes in Ovarian Cancer. 6th APOLLO (Asia-pacific ovarian cancer laparotomic and laparoscopic operation) Symposium, International Session. Shanghai, China 2021.8.15

不明　/　

11.Katsutoshi Oda, Akira Nishijima, Kosei Hasegawa, Hiroyuki Aburatani. Integrative genomic/epigenomic analysis in clear cell ovarian cancers. The 80th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association. Symposium 11. Genomic analysis toward future clinical application. 横浜、2021 年10 月1 日. 近未来の臨床応用に向けたゲノム解析 卵巣明細胞癌における統合的ゲノム・エピゲノム解析(英語) Author：織田 克利, 西島 明, 長谷川 幸清, 油谷 浩幸. 日本癌学会学術集会 (0546-0476)80 回 Page [S11-5](2021.09)

不明　/　

12.スキルス胃がんの治療標的発見、田中庸介、千脇史子、小島進也、河津正人、小松将之、上野敏秀、井上聡、関根茂樹、松崎圭祐、松下弘道、朴成和、金井弥栄、矢田部恭、佐々木博己、間野博行、第80 回日本癌学会学術総会、横浜、2021 年9 月、国内、口頭

国内　/　口頭

13.Tumor mutational burden measured by Todai OncoPanel. Hidenori Kage, Shinji Kohsaka, Kenji Tatsuno, Toshihide Ueno, Koichi Zokumasu, Aya Shinozaki-Ushiku, Sumimasa Nagai, Hiroyuki Aburatani, Hiroyuki Mano, Katsutoshi Oda. 2021 JCA-AACR Precision Medicine International Conference、2021 年9 月、国外、ポスター

国外　/　ポスター

14.Pre-B 細胞性急性リンパ球性白血病における転写制御ネットワーク、都築忍、安田貴彦、河津正人、上野敏秀、カルナン シバスングラン、太田明伸、真田昌、永井宏和、冨田章裕、高橋義行、宮崎泰司、松村到、清井仁、細川好孝、間野博行、早川文彦、第80 回日本癌学会学術総会、横浜、2021 年10月、国内、口頭

国内　/　口頭

15.患者由来腫瘍移植片モデルを用いた腺様嚢胞癌の進展機序の解明、小林謙也、安藤瑞生、間野博行、河津正人、第80 回日本癌学会学術総会、横浜、2021 年10 月、横浜、国内、口頭

国内　/　口頭

16.マイクロサテライト不安定性大腸がんの抗原提示機能障害の評価方法、河津正人、第34 回日本バイオセラピィ学会学術集会総会、和歌山、2021 年12 月、国内、口頭（招待講演）

国内　/　講演

17.谷田部恭: 新しい肺がんWHO 分類の生物学的背景 SMARCA4 などの遺伝子診断が病理診断になってしまったことの病理診断学的意味, 第110 回日本病理学会総会, 2021/04/22 (ワークショップ1, 新宿京王プラザホテル)

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18.谷田部恭: 呼吸器細胞診検体を用いた様々な試み, 第62 回日本臨床細胞学会総会春期大会 , 2021/06/05 (シンポジウム, 千葉市幕張メッセ)

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19.谷田部恭: リキッドバイオプシーの有効性と現状, 第62 回日本臨床細胞学会総会春期大会 , 2021/06/06 (要望講演, 千葉市幕張メッセ)

不明　/　口頭

20.谷田部恭: 「分子基盤に基づく病理診断（WHO 分類）1」肺癌の病理分子基盤, 第67 回病理学会秋期特別総会, 2021/11/04 (シンポジウム, 岡山コンベンションセンター)

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